针对您提出的“怀孕员工主动辞职怎么办”的问题，这确实是一个涉及法律权益与离职流程的重要事项。以下是我为您详细梳理的解答：
一、法律权益明确
首先，需要明确的是，怀孕员工主动辞职与被公司要求辞职是两种截然不同的情况。根据《劳动法》、《劳动合同法》以及《女职工劳动保护特别规定》，怀孕员工享有特殊的法律保护，公司不得因怀孕而降低工资、辞退或解除劳动合同。但如果是员工主动提出辞职，则需遵循一般的离职流程，同时，用人单位在员工主动辞职的情况下，无需支付经济补偿。
二、辞职流程梳理
确定辞职意向并通知公司：
- 怀孕员工应明确自己的辞职意向，并依据《劳动合同法》的规定，提前通知公司。试用期员工需提前三日，正式员工则需提前三十日以书面形式（如辞职信）通知。
- 通知方式建议采用书面辞职信，并通过当面递交或邮政快递（推荐使用EMS，并在详情单上注明“辞职信”）等方式送达，同时保留好相关凭证。
进行工作交接：
- 怀孕员工应详细告知接手同事或指定人员工作任务、项目进展、客户信息、重要文件资料等，确保工作的连续性和稳定性。
- 制作工作交接清单，双方签字确认，以避免后续纠纷。
办理离职手续：
- 归还公司财物，如办公用品、工作证件、钥匙、设备等，确保物品完好无损。
- 与公司财务部门确认工资结算日期和方式，包括正常工作期间的工资、加班工资、奖金、提成等，并处理未休假期。
- 要求公司及时办理社保和公积金减员手续，并索取相关证明文件，以便后续享受生育保险待遇。
获取离职证明：
- 离职证明是员工证明自己工作经历和离职情况的重要文件，应确保信息准确无误。
- 用人单位应在解除劳动合同时出具离职证明，员工应妥善保管。
三、特别注意事项
- 生育保险待遇：怀孕员工辞职后，仍可根据实际情况依法享受相应的生育保险待遇，如生育津贴、医疗费用报销等。
- 保持沟通：在整个辞职过程中，建议怀孕员工与公司保持良好沟通，确保离职流程的顺利进行。
- 咨询专业意见：如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师或相关部门进行解决，以维护自己的合法权益。
综上所述，怀孕员工主动辞职需要遵循一定的法律流程和规定，确保离职过程的合法、合规与有序。希望以上解答能对您有所帮助。如有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。