在政府采购质疑后投诉的过程中，如果事实依据发生变化，行政监督部门不予受理投诉并不一定完全合法，这取决于具体情况。以下是对此问题的详细分析：
一、投诉受理的基本条件
根据《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号）的相关规定，投诉人提起投诉应当符合以下条件：
- 提起投诉前已依法进行质疑：投诉人必须在提起投诉前，已经就同一事项向采购人或采购代理机构提出了质疑，并且质疑答复不满意的，或者采购人、采购代理机构未在规定时间内作出答复的。
- 投诉事项符合规定：投诉事项必须属于政府采购法、政府采购法实施条例等法律法规规定的投诉范围。
- 在有效期内提起投诉：投诉人必须在知道或者应知其权益受到损害之日起7个工作日内，以书面形式向采购人所属预算级次的本级财政部门提起投诉。
- 有明确的请求和必要的证明材料：投诉人提起投诉时，应当有明确的请求和必要的证明材料，以支持其投诉事项。
二、事实依据变化对投诉受理的影响
事实依据变化但仍在投诉范围内：
- 如果投诉人在提起投诉后，发现新的事实依据，但这些新的事实依据仍然属于原投诉事项的范围内，且投诉人能够及时补充相关证明材料，那么行政监督部门应当受理投诉，并对新的事实依据进行审查。
- 在此情况下，如果行政监督部门以事实依据变化为由不予受理，可能构成违法。因为投诉人仍然在投诉范围内，且提供了必要的证明材料。
事实依据变化导致投诉事项超出范围：
- 如果投诉人在提起投诉后，发现新的事实依据导致投诉事项超出了原投诉范围，或者新的事实依据与原投诉事项无直接关联，那么行政监督部门可能不予受理投诉。
- 在此情况下，行政监督部门不予受理是合法的。因为投诉事项已经超出了法律法规规定的投诉范围，或者投诉人未能提供与新事实依据相关的必要证明材料。
投诉人未及时补充证明材料：
- 如果投诉人在发现事实依据变化后，未及时向行政监督部门补充相关证明材料，导致行政监督部门无法对投诉事项进行审查，那么行政监督部门可能不予受理投诉。
- 在此情况下，行政监督部门不予受理也是合法的。因为投诉人未能履行其提供必要证明材料的义务。
三、法律建议
- 及时补充证明材料：如果投诉人在提起投诉后发现事实依据发生变化，应当及时向行政监督部门补充相关证明材料，以确保投诉事项能够得到及时、有效的审查。
- 明确投诉事项和请求：在提起投诉时，投诉人应当明确投诉事项和请求，并提供必要的证明材料。如果事实依据发生变化，应当及时调整投诉事项和请求，并补充相关证明材料。
- 咨询专业律师：如果投诉人对行政监督部门的处理决定有异议，或者不确定如何补充证明材料、调整投诉事项和请求等，可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
如果您在政府采购质疑后投诉的过程中遇到任何问题，或者对事实依据变化后的投诉受理有疑问，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供详细的法律解释和建议。