代发工资全额开发票是否合法需分情况讨论，具体如下：
若代发工资行为本身合法且符合税务规定
代发工资是劳务派遣、人力资源服务或企业委托第三方支付工资的常见操作。根据《发票管理办法》，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，应向付款方开具发票。若第三方机构实际提供了代发工资服务（如资金划转、个税申报等），且按实际服务内容收取费用（如手续费），则全额开具与实际服务相符的发票是合法的。例如：企业委托A公司代发工资，A公司收取1%手续费，此时A公司应就手续费部分开具发票，而非对全部代发金额开票。
若代发工资行为存在虚构服务或虚开发票
若第三方机构未实际提供代发服务（如仅“过账”），或开具发票金额与实际服务不符（如无手续费却对全额工资开票），则涉嫌虚开发票。根据《刑法》第二百零五条，虚开发票可能构成犯罪，需承担刑事责任；即使未达刑事标准，税务机关也可依据《税收征收管理法》追缴税款、加收滞纳金并处罚款。例如：B公司为帮助C企业逃避个税，虚构代发服务并全额开票，此行为明显违法。
特殊情形：税务合规的“全额开票”
若代发工资属于差额征税项目（如劳务派遣选择差额纳税），且符合当地税务政策，可能允许对部分金额开票。例如：某劳务派遣公司代发工资100万元，其中80万元为工资薪金（不可开票），20万元为管理费（可开票），此时全额开票（100万元）不合法，但按20万元开票且注明差额征税则合规。
建议：企业或第三方机构在代发工资时，需确保服务真实发生、金额与发票一致，并留存合同、资金流水等证据。若对税务处理存疑，可直接向我咨询具体操作合规性。