员工仲裁了公司但不离职，公司可以采取以下措施来应对：
积极应对仲裁程序：
- 公司应认真对待员工的仲裁申请，及时收集并整理相关证据，包括但不限于劳动合同、工资单、考勤记录、公司规章制度等，以证明公司的立场和主张。
- 积极参与仲裁过程，按照仲裁机构的要求提交答辩材料，出席仲裁庭审，并充分阐述公司的观点和理由。
与员工进行沟通协商：
- 在仲裁过程中，公司可以尝试与员工进行沟通协商，了解员工的诉求和期望，寻求双方都能接受的解决方案。
- 如果员工提出合理的诉求，公司可以考虑在合法合规的前提下进行适当调整，以化解矛盾，避免仲裁结果对公司不利。
遵守仲裁裁决：
- 如果仲裁机构作出了对公司的裁决，公司应认真履行裁决义务，包括支付赔偿金、恢复劳动关系等。
- 拒绝履行仲裁裁决可能会导致公司面临更严重的法律后果，如被强制执行、罚款等。
考虑后续劳动关系处理：
- 如果员工仲裁后继续留在公司工作，公司应评估该员工的岗位价值、工作表现以及与公司文化的契合度等因素。
- 如果员工的表现不符合公司要求或存在其他问题，公司可以依据相关法律法规和公司规章制度，通过合法程序进行岗位调整、绩效改进或解除劳动合同等操作。
- 在进行任何劳动关系处理时，公司都必须确保程序合法、证据充分，以避免引发新的法律纠纷。例如，解除劳动合同必须依据《劳动合同法》的相关规定，提前通知员工并支付相应的经济补偿。
加强内部管理和风险防范：
- 公司应借此机会审视自身的劳动用工管理，查找可能存在的问题和漏洞，并及时进行整改。
- 通过完善劳动合同、规章制度等文件，明确双方的权利和义务，降低未来发生劳动纠纷的风险。
- 同时，公司可以加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识和合规意识，共同营造一个和谐、稳定的劳动关系环境。
如果公司在应对员工仲裁过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据公司的具体情况和需求，提供专业、全面的法律建议和解决方案。