核心结论：针对您描述的情况，建议分步骤谨慎处理，既要确保辞退违纪员工合法合规，又要妥善处理另外两名员工离职事宜，避免引发劳动纠纷。以下是具体处理建议：
一、关于辞退违纪员工
核实违纪事实
需确保该员工存在明确、可证明的违纪行为（如考勤记录、书面警告、监控录像等），且违纪行为符合公司规章制度中“严重违纪”的条款（如旷工、盗窃、泄露商业秘密等）。若规章制度未明确规定，或违纪行为未达到“严重”程度，直接辞退可能构成违法解除，需支付赔偿金（2N）。
履行法定程序
- 通知工会：根据《劳动合同法》第43条，辞退员工需事先通知工会（未建立工会的，需通过其他民主程序）。
- 送达解除通知：向员工出具书面《解除劳动合同通知书》，明确解除理由、依据及生效时间，并要求员工签收（若拒签，可通过邮寄、公告等方式送达）。
- 办理离职手续：结清工资、经济补偿（如有）、转移社保和档案，并出具离职证明。
风险防范
- 若员工主张违法解除，可能申请劳动仲裁要求继续履行合同或索赔2N赔偿金。建议提前固定证据（如违纪确认书、规章制度签收记录等），并咨询律师审核解除流程。
二、关于另外两名员工的离职处理
区分离职性质
- 主动离职：若员工因朋友被辞退而主动提出离职，公司无需支付经济补偿，但需按实际工作天数结算工资，并办理离职手续。
- 协商一致离职：若公司希望员工主动离职以避免纠纷，可协商签订《协商一致解除劳动合同协议》，明确补偿金额（通常为N）及双方权利义务。
- 被动离职（如公司劝退）：需谨慎操作，避免被认定为“变相辞退”，否则可能需支付赔偿金。
避免群体性事件
若三名员工关系密切，需防范其联合主张权利（如以“公司针对特定群体”为由主张歧视）。建议分别沟通，避免在公开场合讨论离职事宜，并保留沟通记录（如邮件、微信聊天记录）。
三、综合建议
- 优先处理违纪员工：确保其辞退合法合规，降低后续纠纷风险。
- 灵活处理另外两名员工：根据其离职意愿和公司需求，选择协商一致或主动离职方式，尽量减少经济成本。
- 完善制度与流程：借此机会审查公司规章制度是否完善（如违纪条款、解除程序等），并加强员工培训，避免类似问题再次发生。
提示：劳动纠纷处理需高度谨慎，建议根据具体情况咨询律师，制定个性化方案。如有进一步问题，可直接向我提问。