针对员工工伤三年后起诉的情况，您可以从以下几个角度进行反驳或应对：
诉讼时效问题：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。对于工伤赔偿等劳动争议，通常也适用这一时效规定。
- 反驳点：如果员工在工伤发生后三年才提起诉讼，且没有合理的中断或中止时效的事由（如正在进行工伤认定、劳动能力鉴定等程序，或者因不可抗力等原因无法提起诉讼），那么您可以主张诉讼时效已过，法院或仲裁机构可能因此驳回员工的诉讼请求。
工伤认定与赔偿程序：
- 法定程序：员工在发生工伤后，应首先进行工伤认定，然后进行劳动能力鉴定，最后根据鉴定结果申请工伤赔偿。这些程序都有明确的时间限制和流程要求。
- 反驳点：您可以指出员工未按照法定程序及时进行工伤认定和赔偿申请，导致现在提出诉讼已超出合理期限。如果员工未能提供充分的证据证明其在法定时限内已经采取了必要的法律行动，这可以作为反驳的一个有力点。
证据收集与保存：
- 证据重要性：在工伤赔偿案件中，证据的收集和保存至关重要。包括工伤事故报告、医疗记录、工伤认定决定书、劳动能力鉴定结论等。
- 反驳点：您可以强调，由于时间久远，相关证据可能已经灭失或难以收集，这将对员工的诉讼请求构成严重障碍。同时，您也可以提供自己方面保存的相关证据，以证明员工在工伤发生后的处理情况或您的公司已经履行了相应的义务。
公司已履行义务：
- 反驳点：如果您的公司已经在工伤发生后及时为员工提供了医疗救治、支付了相关费用，或者已经按照工伤赔偿标准与员工达成了赔偿协议并履行完毕，那么您可以提供相关证据来证明这一点。这将有助于削弱员工的诉讼请求，甚至可能导致法院或仲裁机构驳回员工的起诉。
员工自身原因：
- 反驳点：如果员工在工伤发生后存在故意拖延、不配合治疗或鉴定等行为，导致现在提出诉讼已超出合理期限或造成损失扩大，您可以指出这一点并主张员工应自行承担相应责任。
在应对此类诉讼时，您还需要注意以下几点：
- 及时咨询专业律师：虽然我已经为您提供了一些基本的法律分析和反驳点，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，我建议您在收到起诉状后及时咨询专业律师，以便根据案件具体情况制定更详细的应对策略。
- 准备充分证据：无论是反驳诉讼时效问题还是证明公司已履行义务，都需要充分的证据支持。因此，您应尽快收集和整理相关证据材料，以便在诉讼中提供有力支持。
- 保持冷静与理性：面对诉讼时，保持冷静和理性至关重要。不要因情绪激动而做出不理智的行为或言论，以免对案件处理产生不利影响。
最后，我想强调的是，法律问题往往复杂多变，每个案件都有其独特性和不确定性。因此，在处理此类劳动工伤纠纷时，我建议您务必保持谨慎和专业的态度，及时咨询并委托专业律师进行代理和辩护。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。