资质剥离后，在建工程的处理需根据剥离方式、合同约定及法律规定综合判断，以下是具体分析：

1. 资质剥离的合法性审查
   首先需确认资质剥离是否符合《建筑法》《公司法》及行业规定。若剥离行为本身因违反资质管理规定（如“挂靠”“出借资质”）被认定无效，则在建工程可能面临停工、合同解除或行政处罚风险。此时需立即整改，重新以合法主体承接工程。

2. 合同主体变更的合法性

   • 若资质剥离通过股权转让、资产划转等合法方式完成：需根据《民法典》第532条审查原合同是否允许主体变更。若合同明确约定“资质与主体绑定”，则剥离后原合同可能因主体不适格而无法继续履行，需与发包方协商签订补充协议，明确新主体权利义务。
     
   • 若合同未禁止主体变更：可依据《民法典》第543条，通过三方协议（原承包方、新承接方、发包方）将合同权利义务概括转移至新主体，但需确保新主体具备相应资质，否则发包方有权拒绝并要求赔偿。

3. 在建工程的权属与责任划分

   • 工程款支付：若剥离前已完成的工程量，发包方应按原合同约定支付；剥离后新增工程量，需明确由新主体开具发票并承担收款责任，避免税务风险。
     
   • 质量责任：根据《建筑法》第60条，工程质量责任不因主体变更而免除。原承包方需对新主体施工部分提供技术指导，否则可能因连带责任被追偿。
     
   • 债权债务隔离：若剥离通过分立方式完成，需依据《公司法》第175条公告债务承担方案，否则债权人可要求原主体与新主体共同承担责任。

4. 行政许可与备案手续
   资质剥离后，需向建设主管部门重新办理施工许可证变更手续，提交新主体的资质证书、安全生产许可证等材料。若未及时变更，可能面临罚款或停工处罚。

建议行动步骤：

1. 立即审查资质剥离的合法性，必要时补办行政审批手续；
   
2. 与发包方、监理单位沟通，签订主体变更补充协议；
   
3. 梳理工程款、材料款等债务，通过公告或书面通知债权人；
   
4. 向建设主管部门申请施工许可证变更，确保合规施工。
   

若涉及复杂情况（如剥离后新主体资质不足、发包方拒绝变更合同等），可进一步提供具体信息，我将结合案例为您制定解决方案。