违规发放工资的处理方式需根据违规的具体情形及法律后果来确定，核心处理原则是依法纠正违规行为并追究相关责任。以下分情况说明：

1. 若违规发放工资涉及违反劳动法律法规
   例如，未按照劳动合同约定或国家规定及时足额支付劳动报酬（如拖欠工资、克扣工资），或未依法支付加班费、经济补偿等。

   • 处理方式：
     
     • 劳动者可向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门将责令用人单位限期支付；逾期不支付的，可责令用人单位按应付金额50%以上100%以下的标准向劳动者加付赔偿金（《劳动合同法》第85条）。
       
     • 劳动者也可直接申请劳动仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资及赔偿金。
       
     • 若用人单位的行为构成恶意欠薪（如以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动报酬，数额较大且经政府有关部门责令支付仍不支付），可能涉嫌拒不支付劳动报酬罪，依法追究刑事责任（《刑法》第276条之一）。
       

2. 若违规发放工资涉及违反财务或税务法规
   例如，通过虚假账目、虚增成本等方式少缴或逃缴企业所得税、个人所得税，或违规使用公款发放工资。

   • 处理方式：
     
     • 税务机关将依法追缴税款、滞纳金，并处以罚款（《税收征收管理法》第63条）。
       
     • 若行为构成逃税罪（如纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或不申报，逃避缴纳税款数额较大且占应纳税额10%以上），依法追究刑事责任（《刑法》第201条）。
       
     • 若涉及公款违规发放，可能涉嫌贪污罪或挪用公款罪，依法追究刑事责任（《刑法》第382条、第384条）。
       

3. 若违规发放工资涉及违反公司章程或内部管理制度
   例如，未经董事会或股东会决议，擅自提高管理层薪酬或发放奖金。

   • 处理方式：
     
     • 公司可通过内部程序（如召开股东会或董事会）追回违规发放的款项，并追究相关责任人的赔偿责任。
       
     • 若行为损害公司利益，股东可依据《公司法》第151条提起股东代表诉讼，要求违规责任人赔偿公司损失。
       

建议：若您发现用人单位存在违规发放工资的情形，可先收集相关证据（如工资条、银行流水、劳动合同、公司规章制度等），再根据违规性质选择向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或向税务、公安等部门举报。如有进一步疑问，可直接向我咨询。