针对您父亲承包的自留山被他人侵占的情况，核心处理原则是依法维权，通过协商、行政投诉或司法途径解决争议。以下是具体分析：

一、明确法律关系与权属依据

1. 承包合同效力
   需先确认您父亲与村集体签订的《自留山承包合同》是否合法有效（如是否经村民会议表决、是否备案等）。若合同有效，您父亲作为承包方享有法定使用权，他人无权侵占。

2. 权属证明文件
   检查是否持有《林权证》或《农村土地承包经营权证》，这些是证明承包权的核心证据。若证件缺失，需尽快通过村集体或乡镇政府补办，避免维权被动。

二、分情况处理侵占行为

1. 若侵占方为个人或企业

   • 协商解决：可先与对方沟通，要求其停止侵占、恢复原状并赔偿损失（如砍伐林木、破坏土地等造成的损失）。
     
   • 行政投诉：若协商无果，向当地林业局、自然资源局或乡镇政府举报，要求行政机关介入调查并责令退还土地。
     
   • 民事诉讼：若行政途径未果，可直接向法院起诉，主张排除妨害、返还土地并赔偿损失。需准备承包合同、权属证明、侵占现场照片等证据。

2. 若侵占方为村集体或政府

   • 核实程序合法性：检查村集体或政府是否通过合法程序（如村民会议表决、征收公告等）收回土地。若程序违法（如未公告、未补偿），可拒绝交还并要求继续履行合同。
     
   • 行政复议或诉讼：若对方以“公共利益”为由强制收回，可先申请行政复议（向上一级政府），若不服复议结果再提起行政诉讼。

三、关键注意事项

1. 避免激化矛盾：处理过程中保持冷静，避免与侵占方发生肢体冲突，防止被反诉“侵权”。
   
2. 证据固定：及时拍摄侵占现场照片、视频，保留沟通记录（如微信、录音），必要时申请公证处证据保全。
   
3. 时效限制：民事诉讼时效为3年，自知道权益被侵害之日起计算，需尽快行动。

四、建议行动步骤

1. 第一步：整理承包合同、权属证书等材料，确认权属无争议。
   
2. 第二步：与侵占方书面沟通（留存证据），明确要求其限期退还。
   
3. 第三步：若对方拒绝，向乡镇政府或林业局提交书面投诉材料。
   
4. 第四步：同步咨询律师，评估诉讼可行性并准备起诉材料。

如需进一步协助（如审核合同、起草法律文书），可直接向我提问，我会结合具体细节提供针对性方案。