公司规定迟到一分钟就算迟到，其合法性并非一概而论，而是取决于多个因素。以下是对此问题的详细分析：
公司制度的制定与公示
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。这是确保制度合法性的重要程序。如果公司未经此程序制定迟到制度，那么该制度可能因程序不合法而无效。
- 制定的制度还需要向劳动者进行公示或告知，如通过张贴公告、组织培训学习等方式，让劳动者充分知晓并理解制度内容。如果公司未进行公示或告知，劳动者有权主张该制度对其不产生约束力。
扣工资数额的合理性
- 对于迟到这种通常不会给公司造成实际经济损失的行为，如果公司设定的扣工资标准过高（如迟到一分钟扣几十元甚至上百元），则可能违反《工资支付暂行规定》中关于因劳动者原因给用人单位造成经济损失时的赔偿限额规定，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
- 如果公司扣工资数额在合理范围内，且基于公司管理成本等合理因素考量，那么该制度可能被认定为合法。但具体合理性需结合实际情况和当地劳动法律法规进行判断。
合法与不合法的具体情况
- 合法情况：公司通过合法的民主程序制定了迟到扣工资的制度，且该制度已向劳动者进行了公示或告知。同时，制度中关于迟到扣工资的规定合理，扣工资数额较少，并且扣工资后劳动者实际到手工资不低于当地最低工资标准。在这种情况下，公司规定迟到一分钟就算迟到并扣工资可能是合法的。
- 不合法情况：公司未经民主程序制定迟到扣工资的制度，或者制度未向劳动者公示；扣工资数额不合理，明显超出法定限额；或者制度本身存在其他违法情形（如歧视性条款、违反公序良俗等）。在这些情况下，公司规定迟到一分钟就算迟到并扣工资可能是不合法的。
员工权益保护建议：
- 如果员工认为公司扣工资行为不合法，首先可以尝试与公司进行协商，要求公司纠正不合法的扣工资行为。
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，要求维护自己的合法权益。劳动监察部门有权对公司进行调查，并责令公司改正不合法的行为。
- 员工也可以寻求我的帮助，通过法律途径维权，如提起劳动仲裁或诉讼等。在维权过程中，员工需要保留好相关证据（如工资条、考勤记录、公司制度等），以便证明自己的主张。
综上所述，公司规定迟到一分钟就算迟到并扣工资的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况进行判断。如果员工对此有疑问或认为公司行为不合法，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。