结论前置：在农村建房涉及邻居采光通风权的诉讼阶段，政府是否等待诉讼结果再发施工许可证，这并非一个绝对固定的流程，而是需结合具体情况和法律规定来综合判断。

1. 法律原则与规定

• 相邻权保护：根据《民法典》的相关规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。这包括了对采光、通风等相邻权的保护。因此，在农村建房时，必须充分考虑并尊重邻居的采光通风权。
• 施工许可的发放：施工许可证的发放通常基于建筑活动的合法性、安全性以及是否符合规划要求等因素。在涉及相邻权纠纷的诉讼阶段，政府是否发放施工许可证，并非单纯取决于诉讼本身，而是需要综合考虑建筑活动是否可能侵犯他人合法权益，以及是否已经采取了必要的预防措施。

2. 诉讼阶段的影响

• 诉讼中的保全措施：如果邻居在诉讼中提出了保全申请，且法院认为有必要，可能会裁定停止建房行为，以防止可能的损害扩大。在这种情况下，政府可能会根据法院的裁定，暂停或不予发放施工许可证。
• 诉讼结果对施工许可的影响：如果诉讼最终判决建房行为侵犯了邻居的采光通风权，那么政府可能会根据判决结果，拒绝发放或撤销已发放的施工许可证。反之，如果判决认为建房行为合法，那么政府则可能继续或恢复施工许可的发放。

3. 实际操作中的考量

• 政府部门的审慎态度：在实际操作中，政府部门在涉及相邻权纠纷的诉讼阶段，往往会采取更为审慎的态度。他们可能会要求建房者提供充分的证据证明其建房行为不会侵犯邻居的合法权益，或者要求建房者与邻居达成和解协议后，再考虑发放施工许可证。
• 调解与协商的重要性：在诉讼阶段，建房者与邻居之间的调解与协商也显得尤为重要。如果双方能够达成一致意见，并签订书面协议，那么这往往能够为政府发放施工许可证提供有力的依据。

4. 法律建议

• 提前规划与沟通：在农村建房前，建房者应提前规划好建筑方案，并充分与邻居进行沟通，确保建房行为不会侵犯邻居的合法权益。这有助于减少后续纠纷的发生，并提高施工许可的发放效率。
• 寻求法律帮助：如果涉及相邻权纠纷的诉讼，建房者应及时寻求专业律师的帮助，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。律师可以提供专业的法律意见，帮助建房者制定合理的诉讼策略，并争取最有利的结果。

总结：在农村建房涉及邻居采光通风权的诉讼阶段，政府是否等待诉讼结果再发施工许可证，并非一个简单的问题。它涉及到法律原则、诉讼阶段的影响、实际操作中的考量以及法律建议等多个方面。因此，建房者在面临这种情况时，应充分了解相关法律规定和实际操作流程，并寻求专业律师的帮助，以确保自己的合法权益得到保障。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。