结论：在您描述的情况下，如果建房出现质量问题，且在达成谅解并签订协议后，发现对方使用了垃圾再生砂，您仍然有可能可以起诉，但具体能否起诉以及起诉的胜诉可能性，需要结合协议内容、质量问题严重性、证据充分性等多方面因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议内容对起诉的影响
协议是否明确质量问题及处理方式：
- 如果协议中已经明确提及了房屋可能存在的质量问题，并约定了相应的处理方式（如修复、赔偿等），且您已经接受了这些条款，那么在对方未按照协议履行时，您可以依据协议起诉对方违约。
- 如果协议中未提及质量问题，或者提及但未约定具体处理方式，那么您可能需要依据其他法律规定来主张权利。
协议是否排除或限制了您的起诉权：
- 有些协议中可能会包含“双方放弃进一步追究对方责任”等类似条款，这样的条款可能会限制您的起诉权。但需要注意的是，如果这样的条款违反了法律强制性规定或公序良俗，那么该条款可能是无效的。
二、质量问题严重性对起诉的影响
质量问题是否构成根本违约：
- 如果使用垃圾再生砂导致的质量问题严重到足以影响房屋的结构安全或使用功能，那么这可能构成根本违约。在这种情况下，您不仅可以起诉对方违约，还可以要求解除合同、赔偿损失等。
质量问题是否可修复：
- 如果质量问题可以通过修复来解决，且修复成本不高，那么您可能更倾向于要求对方修复并承担修复费用。但如果质量问题无法修复或修复成本过高，那么您可能会选择起诉要求赔偿损失。
三、证据充分性对起诉的影响
是否有证据证明对方使用了垃圾再生砂：
- 这是起诉的关键证据之一。您需要提供充分的证据证明对方在施工过程中确实使用了垃圾再生砂，如施工记录、材料采购单、证人证言等。
是否有证据证明质量问题与使用垃圾再生砂有关：
- 除了证明对方使用了垃圾再生砂外，您还需要证明质量问题与使用垃圾再生砂之间存在因果关系。这可能需要专业的鉴定机构进行鉴定，并出具鉴定报告。
四、法律建议
收集并保存证据：
- 在起诉前，您需要尽可能收集并保存与案件相关的所有证据，包括协议、施工记录、材料采购单、证人证言、鉴定报告等。
咨询专业律师：
- 由于合同纠纷案件涉及的法律问题较为复杂，且每个案件的具体情况都不同，因此我建议您在起诉前咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，以及起诉的胜诉可能性。
考虑和解或调解：
- 在起诉前或诉讼过程中，您也可以考虑与对方进行和解或调解。如果双方能够达成一致意见，那么可以节省诉讼成本和时间，并更快地解决问题。
最后，如果您有任何关于合同纠纷、医疗纠纷或婚姻家庭方面的法律问题，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面、准确的法律建议。