小产权房的合同纠纷能否立案，需根据纠纷的具体性质、当事人的诉求以及是否符合相关法律法规和政策规定来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、民事争议中的合同纠纷
小产权房买卖合同纠纷
- 立案可能性：由于小产权房的买卖往往违反了相关法律法规（如宅基地流转限制），部分法院可能因此不予受理此类案件。然而，也有法院会根据具体案件情况，特别是当事人的诉求（如合同无效后的财产返还、赔偿损失）进行审查，并对于符合立案条件的案件予以受理。
- 法律依据：根据《民法典》及相关司法解释，无效的民事法律行为自始没有法律约束力，但因该行为取得的财产，应当予以返还；有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失。因此，即使小产权房买卖合同被认定无效，当事人仍有权就财产返还和损失赔偿等诉求向法院提起诉讼。
小产权房租赁合同纠纷
- 立案可能性：只要该纠纷属于平等民事主体之间的财产关系争议，并且满足民事诉讼法规定的立案条件（如明确的被告、具体的诉讼请求和事实理由），法院通常会立案受理。
- 法律依据：根据《民事诉讼法》的相关规定，只要满足起诉条件，即原告与案件有直接利害关系、有明确被告、有具体诉讼请求和事实理由、属于法院受理范围和管辖，法院就应当受理立案。小产权房租赁纠纷作为平等主体间的民事争议，自然也不例外。
二、行政争议中的合同纠纷
- 如果小产权房纠纷涉及行政机关的行政行为（如因小产权房买卖或租赁而引发的行政处罚、行政强制等），且符合行政诉讼法规定的起诉条件（如利害关系证明、明确被告、具体诉讼请求和事实根据），法院会立案受理。
三、特殊情形下的合同纠纷
- 确权或分割纠纷：对于要求确权或直接分割、处理小产权房的纠纷，由于小产权房缺乏合法的产权证明，且可能违背国家土地政策，因此法院通常不会受理此类诉求。已经受理的案件也可能会因不符合国家政策而被驳回起诉。
四、建议与注意事项
- 了解法律法规：在提起诉讼前，当事人应充分了解相关法律法规和政策规定，评估自身诉求的合理性和合法性。
- 准备充分证据：无论是买卖合同纠纷还是租赁合同纠纷，当事人都应准备好相关证据材料，如购房合同、付款凭证、房屋现状照片等，以支持自己的主张。
- 谨慎处理纠纷：鉴于小产权房的特殊性，当事人在处理相关纠纷时应谨慎行事。在无法协商解决的情况下，再考虑向法院提起诉讼。
总结来说，小产权房的合同纠纷能否立案并非一概而论，而是需要根据具体情况进行综合判断。如果你正面临小产权房的合同纠纷问题，并希望进一步了解相关法律事宜或寻求法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律分析和建议。