核心结论：当房屋合同涉及不同产权立案时，需根据产权性质、合同约定及纠纷类型，分情况处理。以下是具体分析：

1. 产权性质不同，需分别立案

• 情况说明：若房屋涉及多种产权（如共有产权、部分产权、小产权房等），且纠纷主体针对不同产权人，需根据产权归属分别立案。例如：
  • 共有产权房中，部分共有人主张权利，其他共有人反对；
  • 房屋部分为商品房、部分为经济适用房，政策适用不同。
• 处理方式：
  • 明确产权归属：通过房产证、共有协议等文件，确认各产权人的权利范围；
  • 分别起诉或应诉：针对不同产权人，分别提交立案材料，注明产权性质及纠纷焦点；
  • 合并审理可能：若纠纷基于同一合同，法院可能合并审理，但需提交合并申请并说明理由。

2. 合同约定模糊，需补充证据

• 情况说明：若合同未明确产权归属（如“甲方拥有部分产权”），或约定与实际产权不符，可能导致立案受阻。
• 处理方式：
  • 补充证据：提供产权登记证明、共有协议、付款凭证等，证明合同与实际产权的关联性；
  • 申请司法鉴定：若产权存在争议，可申请对房屋权属进行司法鉴定；
  • 修改诉请：根据证据调整诉讼请求，例如从“确认合同无效”改为“分割共有产权”。

3. 纠纷类型不同，需选择管辖法院

• 情况说明：房屋合同纠纷可能涉及合同效力、产权过户、违约赔偿等，不同纠纷类型管辖法院可能不同。
• 处理方式：
  • 合同纠纷：一般由被告住所地或合同履行地法院管辖；
  • 产权纠纷：若涉及不动产确权，需向不动产所在地法院提起专属管辖；
  • 多案并立：若同一合同引发多种纠纷，可分别立案，但需注意诉讼时效和证据衔接。

4. 实务建议

• 提前梳理产权：立案前通过不动产登记中心查询房屋权属，避免因产权不清被驳回；
• 合同审查：检查合同是否明确产权归属、过户时间、违约责任等关键条款；
• 协商优先：若产权人之间存在矛盾，可尝试通过调解、和解等方式化解纠纷，降低诉讼成本。

总结：房屋合同涉及不同产权时，立案需结合产权性质、合同约定及纠纷类型，通过补充证据、明确诉请、选择管辖法院等方式推进。如有具体案件，可进一步提供材料，我将为您详细分析。