员工将自有商业房产出租给自己所在的公司，这一行为本身并不违法，但需满足一定的条件并遵循相关法律规定。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、合法性分析
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体有权依法自主订立合同，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同即具有法律效力。
- 因此，员工与公司之间就商业房产的租赁事宜，在双方自愿、平等、公平的基础上签订租赁合同，是合法的。
关联交易与公平性：
- 虽然员工与公司之间的租赁行为本身不违法，但如果该员工在公司担任重要职务（如董事、高级管理人员等），且租赁价格明显偏离市场价格，可能构成关联交易，损害公司利益。
- 在这种情况下，如果公司章程或相关法律法规对关联交易有特别规定，员工需遵守这些规定，确保交易的公平性和透明度。
二、需注意的法律要点
租赁合同的签订：
- 双方应签订书面租赁合同，明确租赁期限、租金、支付方式、维修责任等条款，以避免未来可能出现的纠纷。
- 租赁合同应符合《中华人民共和国民法典》中关于租赁合同的规定，确保合同的合法性和有效性。
税务合规：
- 员工作为出租方，需按照税法规定缴纳房产税、个人所得税等相关税费。
- 公司作为承租方，也需按照税法规定履行相应的税务义务，如代扣代缴个人所得税等。
公司章程与内部规定：
- 如果公司章程或内部规定对员工与公司之间的交易有特别限制或要求，员工需遵守这些规定。
- 例如，某些公司可能要求员工在与公司进行交易前需获得董事会或股东会的批准。
三、可能存在的法律风险及防范
法律风险：
- 如果租赁价格不公平，可能引发公司其他股东或债权人的质疑，甚至引发法律纠纷。
- 如果员工未按照税法规定缴纳税费，可能面临税务处罚。
风险防范：
- 员工在出租房产前，应了解并遵守公司章程和内部规定，确保交易的合法性和合规性。
- 双方应签订公平、合理的租赁合同，并明确各自的权利和义务。
- 员工应按照税法规定及时缴纳税费，避免税务风险。
总结来说，员工将自有商业房产出租给自己所在的公司，在遵守相关法律法规和公司章程的前提下，是合法的。但为了避免未来可能出现的纠纷和风险，双方应签订书面租赁合同，明确各自的权利和义务，并确保交易的公平性和透明度。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。