有问题线索的干部能否辞职，需分情况讨论，具体如下：

1. 若问题线索仅处于初步调查阶段，且未涉及严重违纪违法：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国公务员法》及相关规定，公务员或参照公务员法管理的工作人员，在未被立案调查或未受到严重处分前，一般享有辞职的权利。但需注意的是，若该干部属于特定岗位（如涉及国家秘密、安全等），或存在服务期限制等特殊情况，则可能受到额外限制。
   • 法律建议：在此情况下，干部若希望辞职，应首先确认自己是否属于上述特殊岗位或存在服务期限制。若无特殊限制，且问题线索未对其工作产生实质性影响，可按照正常程序提出辞职申请。
   • 可能后果：若辞职申请被批准，干部将正式离职，但需注意，离职并不意味着问题线索的终结。若后续调查发现其存在违纪违法行为，仍可能受到相应处分。

2. 若问题线索已进入立案调查阶段，或涉及严重违纪违法：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国监察法》及相关规定，被立案调查的公职人员，在调查期间一般不得辞职、退休或离职。这是为了确保调查的顺利进行和证据的完整性。
   • 法律建议：在此情况下，干部应积极配合调查，如实说明情况，等待调查结果。若试图通过辞职逃避调查，不仅可能面临更严重的法律后果，还可能影响个人声誉和未来职业发展。
   • 可能后果：若干部在调查期间擅自离职，可能被视为逃避调查，从而加重处分。若调查证实其存在违纪违法行为，将依法受到相应处分，包括但不限于警告、记过、降级、撤职、开除等。

3. 若问题线索虽存在，但干部已受到相应处分或处理：

   • 法律背景：若干部已因问题线索受到相应处分或处理（如警告、记过等），且处分或处理决定已生效，其辞职权利可能受到一定影响。具体需根据处分或处理决定的性质和严重程度来判断。
   • 法律建议：在此情况下，干部应首先了解处分或处理决定的具体内容及其对辞职权利的影响。若决定允许辞职，可按照正常程序提出申请；若决定限制辞职，则需等待限制期满后再行申请。
   • 可能后果：若干部在受限期内擅自离职，可能面临更严重的法律后果，包括但不限于加重处分、影响个人信用记录等。

总结与建议：

• 有问题线索的干部能否辞职，需根据问题线索的严重程度、调查阶段以及是否已受到处分或处理等因素综合判断。
• 在任何情况下，干部都应积极配合调查，如实说明情况，避免逃避或隐瞒事实。
• 若希望辞职，应首先了解相关法律法规和单位规定，确保自己的辞职申请符合法定条件和程序。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。