结论前置：不同工作时长不同工资的农民工，一般不建议使用同一份结清证明，但具体是否可行需结合实际情况判断。以下从多个角度进行分析：

一、法律层面分析

1. 结清证明的法律性质

结清证明是用人单位与劳动者之间就工资、奖金、津贴等劳动报酬支付完毕进行确认的书面文件。它具有证明双方债权债务关系消灭的法律效力。因此，结清证明的内容应当准确、清晰，能够真实反映双方的结算情况。

1. 不同工作时长与工资的差异

农民工的工作时长和工资往往因工种、工作内容、工作时间等因素而存在差异。如果不同工作时长和工资的农民工使用同一份结清证明，可能会导致证明内容模糊、不明确，无法准确反映每个农民工的实际结算情况。

1. 法律风险

使用同一份结清证明可能引发以下法律风险：

• 证明效力争议：当农民工与用人单位之间就工资支付问题产生争议时，同一份结清证明可能因内容不明确而无法作为有效证据使用，导致农民工的权益无法得到保障。
• 法律责任承担：如果结清证明内容存在虚假或误导性信息，用人单位和农民工都可能面临法律责任。对于用人单位而言，可能面临劳动监察部门的处罚；对于农民工而言，可能因虚假陈述而承担不利后果。

二、实际操作层面分析

1. 证明内容的准确性

为了确保结清证明的准确性，每个农民工的结算情况应当单独列明，包括工作时长、工资标准、已支付金额、未支付金额（如有）等关键信息。这样不仅可以避免争议，还可以为双方提供清晰的结算依据。

1. 管理成本与效率

虽然为每个农民工单独出具结清证明可能增加一定的管理成本，但从长远来看，这有助于降低法律风险、提高管理效率。因为清晰的结算记录可以减少双方之间的沟通成本，避免不必要的纠纷。

1. 特殊情况处理

在某些特殊情况下，如农民工群体性结算且工资标准相同、工作时长相近时，可以考虑使用同一份结清证明的附件形式进行补充说明。但即便如此，也应当确保每个农民工的结算情况得到准确反映，并在附件中明确列明。

三、建议与措施

1. 为每个农民工单独出具结清证明

为了确保法律效力和避免争议，建议用人单位为每个农民工单独出具结清证明，并详细列明结算情况。

1. 加强沟通与协商

在出具结清证明前，用人单位应当与农民工进行充分沟通，确保双方对结算情况无异议。如有争议，应当及时协商解决，避免矛盾升级。

1. 保留相关证据

用人单位和农民工都应当保留与工资支付相关的证据，如工资条、考勤记录、结算协议等。这些证据在发生争议时可以作为有效依据使用。

总结：不同工作时长不同工资的农民工一般不建议使用同一份结清证明。为了确保法律效力和避免争议，用人单位应当为每个农民工单独出具结清证明，并详细列明结算情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。