结论前置：农村房屋买卖中，仅签订卖房协议书且钱已付，该协议书是否合法需视具体情况而定。但为确保交易合法有效、明确双方权利义务，强烈建议签订书面协议并办理相关手续。
一、协议书合法性的判断依据
合同生效的一般要件：
- 行为人具有相应的民事行为能力：买卖双方需为精神正常、能够独立进行民事活动的成年人。例如，若买卖双方均为心智健全的村民，则满足此条件。
- 意思表示真实：买卖双方需基于真实意愿达成房屋买卖合意，不存在欺诈、胁迫等情形。这要求双方在平等协商的基础上自愿达成买卖意向。
- 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：农村房屋买卖需遵守农村宅基地管理等相关法律法规，不得违反“一户一宅”等原则。
农村房屋买卖的特殊条件：
- 同一集体经济组织成员之间的买卖：由于买受人符合宅基地申请条件，这种交易通常被认可。例如，甲村村民A将房屋卖给同村村民B，若有其他证据（如转账记录、证人证言等）证明买卖事实，即使无书面协议，合同也可能有效。但缺乏书面协议会增加纠纷风险。
- 买受人符合宅基地申请条件：买受人需原本没有宅基地或符合“一户一宅”等申请条件，其购买行为才在一定程度上符合政策要求。
二、协议书可能无效的情况
主体不适格：
- 非本集体经济组织成员购买：如城市居民到农村购买房屋，因不具备农村宅基地申请资格，合同通常被认定无效。
- 无民事行为能力人实施的买卖：如精神病人在不能辨认自己行为时进行的房屋买卖，该合同无效。
违反法律强制性规定：
- 买卖的房屋属于禁止交易的范围：如违法建筑或无合法产权证明的房屋，买卖行为违反法律规定，合同无效。
- 违背“一户一宅”原则：买受人已拥有一处宅基地，又购买农村房屋且不符合其他可拥有多处宅基地的法定情形，买卖可能因违反此原则而被认定无效。
三、书面协议的重要性及建议
- 法律依据：根据我国法律和相关政策，农村房屋的买卖合同应为书面形式，以更好地保护买卖双方权益，避免纠纷。
- 明确权利义务：书面协议能够详细记录交易条款，明确双方的权利和义务，为日后可能出现的争议提供解决依据。例如，协议中可明确房屋价格、付款方式、过户时间、违约责任等关键条款。
- 减少法律风险：缺乏书面证据的交易在发生纠纷时，双方权利义务难以界定，维权面临较大困难。因此，签订书面协议是降低法律风险的有效手段。
建议：
- 在进行农村房屋买卖时，务必签订书面协议，并确保协议内容完整、合法、有效。
- 协议签订后，双方应按照协议约定履行各自义务，并及时办理相关手续（如过户登记等）。
- 如遇复杂法律问题或需要进一步的法律咨询和协助，请直接向我咨询，我将为你提供专业的法律服务。