结论：签订以房抵款协议后，承包人一般仍能主张工程款，但具体能否主张及主张的方式和效果，需根据协议的具体内容、履行情况以及相关法律规定来综合判断。

分析说明：

1. 协议效力与内容：

   • 以房抵款协议，若系双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，通常具有法律效力。该协议实质上是一种债务清偿方式的变更，即发包人以其房产来抵偿所欠承包人的工程款。
   • 协议中应明确约定房产的具体信息（如位置、面积、产权状况等）、抵款金额、交付时间、产权过户等关键条款。若协议内容完备且双方已实际履行（如房产已交付并过户至承包人名下），则承包人通常无需再主张工程款，因为债务已通过房产抵偿的方式得到清偿。

2. 协议履行情况：

   • 若协议签订后，发包人未按约定交付房产或办理产权过户手续，则构成违约。此时，承包人仍有权依据原工程款支付合同或相关法律规定，向发包人主张工程款及可能的违约金、利息等。
   • 若协议部分履行（如已交付房产但未过户），承包人可依据协议约定及法律规定，要求发包人继续履行过户义务，并可能主张因过户延迟而产生的损失。

3. 法律救济途径：

   • 在协议无法履行或履行不符合约定的情况下，承包人可通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径来维护自己的权益。其中，诉讼是最后的法律救济手段，承包人可向法院提起诉讼，要求发包人支付工程款及相应损失。
   • 在诉讼过程中，法院将根据协议内容、履行情况、双方过错等因素，综合判断承包人是否有权主张工程款及主张的金额。

4. 特殊情况考虑：

   • 若以房抵款协议存在无效情形（如恶意串通损害第三人利益、以合法形式掩盖非法目的等），则协议自始无效。此时，承包人可依据原工程款支付合同或相关法律规定，向发包人主张工程款。
   • 若房产存在权利瑕疵（如被查封、抵押等），导致无法过户至承包人名下，承包人也有权要求发包人承担违约责任，并主张工程款。

行动建议：

• 审查协议：首先，承包人应仔细审查以房抵款协议的内容，确保协议合法有效且内容完备。
• 保留证据：在协议履行过程中，承包人应保留好相关证据（如协议文本、交付凭证、过户手续等），以备不时之需。
• 及时维权：若发包人未按约定履行协议义务，承包人应及时采取措施维护自己的权益，包括协商、调解、仲裁或诉讼等。

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