结论：在承包人起诉发包人主张工程款的情况下，实际施工人能否主张工程款取决于多种因素，包括合同效力、工程质量、发包人付款情况以及实际施工人与发包人、承包人之间的关系等。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同相对性原则下的权利主张
直接合同关系：
- 实际施工人通常应首先向与其存在直接合同关系的转包人或违法分包人主张工程款。这是基于合同相对性原则，即合同关系只能发生在特定的主体之间，只有合同当事人一方能够向合同的另一方当事人基于合同提出请求或提起诉讼。
合同效力与工程质量：
- 如果实际施工人与转包人或违法分包人之间的合同无效（如因资质问题导致），但建设工程经验收合格的，根据《中华人民共和国民法典》第七百九十三条第一款的规定，实际施工人仍有权参照合同关于工程价款的约定折价补偿。这是实际施工人主张权利的核心依据之一。
二、突破合同相对性的例外情形
发包人欠付工程款：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第四十三条的规定，当实际施工人以发包人为被告提起诉讼时，法院应追加转包人或违法分包人为第三人，并在查明发包人欠付转包人或违法分包人工程款的具体数额后，判决发包人在该欠付范围内对实际施工人承担责任。这意味着，在发包人欠付工程款的情况下，实际施工人可以突破合同相对性，直接向发包人主张工程款。
发包人明知挂靠等非法行为：
- 若发包人明知实际施工人借用资质承接工程仍予以配合，双方形成事实上的权利义务关系。此时，实际施工人有权突破合同相对性，直接向发包人主张工程款债权。但需通过举证证明发包人的明知状态及参与程度。
代位权行使：
- 当承包人怠于向发包人主张到期债权且影响实际施工人权益时，符合《中华人民共和国民法典》第五百三十五条规定的代位权构成要件。实际施工人可据此向法院请求以自己的名义代位行使承包人对发包人的权利，但代位权的行使范围以承包人所负债务为限。
三、实际施工人主张权利的注意事项
证据收集与保全：
- 实际施工人应全面收集施工合同、工程量确认单、付款凭证等证据材料，特别注意留存能够证明发包人明知非法转包/分包行为的书面文件或视听资料。这些证据在主张权利时至关重要。
法律程序选择策略：
- 建议实际施工人优先通过协商或调解方式解决纠纷，以降低成本和风险。若必须诉讼，则需准确判断是否符合突破合同相对性的法定情形，避免因错误列明被告导致败诉风险。
时效意识强化：
- 实际施工人应严格遵循《中华人民共和国民法典》关于诉讼时效的规定，自知道或应当知道权利受损之日起三年内主张权利。防止因超过时效丧失胜诉权。
四、实务操作建议
- 签订书面协议：实际施工人在承接工程时，应尽可能与转包人或违法分包人签订书面协议，明确双方的权利义务和工程款支付方式等条款。
- 定期办理工程量结算：实际施工人应定期与转包人或违法分包人办理工程量结算，并保留签证等文件作为证据。
- 及时行使权利：一旦发现发包人或承包人存在拖欠工程款等违约行为，实际施工人应及时行使权利，包括协商、调解、诉讼或仲裁等方式。
总结：在承包人起诉发包人主张工程款的情况下，实际施工人能否主张工程款取决于多种因素。实际施工人应根据具体情况选择合适的权利主张方式，并注重证据收集和法律程序选择策略。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。