施工单位超开工程发票给甲方，属于虚开发票的违法行为，需立即采取纠正措施并评估法律风险。以下从不同角度展开分析：

1. 法律定性：超开发票构成虚开发票行为

根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条，虚开发票包括以下情形：

• 为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
• 让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
• 介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。

超开发票（即发票金额超过实际工程结算金额）属于“与实际经营业务情况不符”的情形，可能面临以下法律后果：

• 税务行政处罚：由税务机关没收违法所得，并处以罚款（虚开金额1倍以下）；情节严重的，可能被吊销发票领购资格或营业执照。
• 刑事责任风险：若虚开税款数额较大（如虚开税款数额在1万元以上），可能构成《刑法》第二百零五条之一的虚开发票罪，处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

2. 纠正措施：立即整改并配合税务机关调查

若已超开发票，施工单位应采取以下步骤：

• 停止违法行为：立即停止继续开具或使用超开的发票。
• 主动补救：
  • 与甲方协商，要求退回超开部分的发票，并重新开具与实际金额一致的发票；
  • 若甲方已抵扣税款，需配合甲方向税务机关说明情况，申请红字发票冲红或作废原发票。
• 配合税务机关：如税务机关已介入调查，应如实提供工程合同、结算单、付款凭证等证据，证明实际交易金额，避免被认定为故意虚开。

3. 风险防范：完善内部合规流程

为避免类似问题，施工单位应：

• 加强发票管理：建立发票开具审核机制，确保发票金额与实际结算金额一致；
• 合同条款明确：在工程合同中约定发票开具条款（如“发票金额以实际结算金额为准”），减少争议；
• 定期自查：定期核对发票与工程进度、付款记录，及时发现并纠正异常情况。

4. 甲方责任：需警惕接受虚开发票的风险

甲方若接受超开发票并用于抵扣税款，可能面临：

• 税务行政处罚：被税务机关要求补缴税款、滞纳金，并处以罚款；
• 刑事责任风险：若明知是虚开发票仍接受并抵扣，可能构成虚开发票罪的共犯。

建议：施工单位与甲方均应立即采取纠正措施，避免法律风险扩大。如有进一步疑问，可直接向我咨询工程合同、税务合规等领域的法律问题。