针对您提出的“三班两倒12小时工资按市最低标准发放是否合法”的问题，这实际上涉及到了工作时间、加班工资以及最低工资标准等多个法律层面的考量。以下是我为您提供的详细分析：

一、关于工作时间

“三班两倒”工作制，如果每天工作12小时，其合法性首先取决于是否符合《国务院关于职工工作时间的规定》以及《劳动法》中关于工作时间和休息休假的规定。一般来说，职工每日工作不应超过8小时，每周工作不应超过40小时。然而，对于实行综合计算工时工作制的岗位，如果企业在综合计算周期内（如月、季度等）确保劳动者的总工作时间未超过法定标准，并且合理安排了补休，那么这种工作制在工作时间方面是可以被视为合法的。但关键在于，企业必须确保劳动者的总工作时间不超出法定限制，并且给予相应的补休。

二、关于加班工资

如果劳动者的工作时间超过了法定标准，企业就必须按照《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定支付加班工资。具体来说，延长工作时间应支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日工作且不能安排补休的，应支付不低于工资的200%的工资报酬；法定休假日工作的，应支付不低于工资的300%的工资报酬。因此，如果“三班两倒”工作制导致劳动者加班，且企业未按照上述标准支付加班工资，那么这种做法就是违法的。

三、关于最低工资标准

最低工资标准是劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。然而，最低工资标准并不等同于加班工资或特殊工时制度下的工资支付标准。在“三班两倒”工作制下，如果劳动者的工作时间超出了法定标准，并且企业仅按市最低工资标准发放工资，而没有支付相应的加班工资，那么这种做法同样是不合法的。

四、综合判断与建议

1. 合法性判断：

   • 如果“三班两倒”工作制在综合计算周期内确保了劳动者的总工作时间未超过法定标准，并且合理安排了补休，同时按照法律规定支付了加班工资，那么这种工作制在工资支付方面是可以被视为合法的。
   • 如果企业未按照上述标准执行，特别是未支付加班工资或仅按最低工资标准发放工资，那么这种做法就是违法的。

2. 建议与指导：

   • 对于企业来说，在实行“三班两倒”工作制前，应仔细评估是否符合劳动法的相关规定，并确保获得必要的审批（如综合计算工时工作制的审批）。同时，企业应建立完善的工资支付制度，确保劳动者的工资支付符合法律规定。
   • 对于劳动者来说，应密切关注自己的工作时间和权益保障情况。如果发现企业存在违法用工行为，如超时工作、未支付加班工资等，应及时向当地劳动监察部门投诉或咨询专业律师以维护自身合法权益。

综上所述，“三班两倒12小时工资按市最低标准发放”是否合法，取决于多个因素的综合考量。企业和劳动者都应严格遵守劳动法的规定，确保工作制度的合法性和劳动者的权益保障。