十二小时工作制两班倒且只发加班补助、低于当地最低小时工资的行为，通常是违法的。以下从多个角度为你详细分析：
一、从工作时间和休息休假角度看
- 标准工时制度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条以及《国务院关于职工工作时间的规定》第三条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十小时的工时制度。十二小时工作制明显超出了每日八小时的工作时间限制。
- 例如，小张在一家工厂工作，实行十二小时两班倒，每天工作12小时，这就超出了法定每日8小时的工作时间，若未经过法定程序（如与工会和劳动者协商），擅自实行这样的工作制，就构成违法。
- 延长工作时间的限制：
- 《劳动法》第四十一条规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
- 十二小时工作制两班倒很可能导致员工每月加班时长远超这一限制。比如，小李所在公司实行十二小时两班倒，一个月工作30天，每天加班4小时，那么一个月加班时长就达到了120小时，远远超过了每月36小时的限制。
二、从加班费支付角度看
- 加班费支付标准：
- 《劳动法》第四十四条规定，安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 若用人单位只发加班补助且低于当地最低小时工资，这显然不符合法律规定。例如，当地最低小时工资为20元，而公司给员工的加班补助每小时只有10元，这就侵犯了员工的合法权益。
- 特殊工时制度下的加班费：
- 对于实行综合计算工时工作制或不定时工作制的岗位，虽然工作时间安排可能较为灵活，但加班费支付仍需符合法律规定。若在这些特殊工时制度下，用人单位也未按照法定标准支付加班费，同样是违法的。
三、从特殊行业或岗位角度看
- 特殊行业或岗位的审批：
- 对于某些特殊行业或岗位，如铁路、航空、电力等，可能需要实行综合计算工时工作制或不定时工作制。但这些特殊工时制度必须经过劳动行政部门的审批，并在保障劳动者身体健康的基础上实施。
- 若用人单位未经过审批就擅自实行十二小时工作制两班倒，即使是在特殊行业或岗位，也是违法的。比如，某电力公司未经过审批就要求员工实行十二小时两班倒，这就违反了相关规定。
四、法律后果
如果用人单位违反《劳动法》的规定，实行十二小时工作制两班倒且只发加班补助、低于当地最低小时工资，可能面临以下法律后果：
- 行政处罚：由劳动行政部门给予警告，责令改正，并可以处以罚款。具体罚款标准根据《劳动保障监察条例》第二十五条，用人单位违反劳动保障法律、法规或者规章延长劳动者工作时间的，由劳动保障行政部门给予警告，责令限期改正，并可以按照受侵害的劳动者每人100元以上500元以下的标准计算，处以罚款。
- 民事赔偿：劳动者有权要求用人单位支付加班费、经济补偿金等。计算公式如下：
- 延长工作时间加班费：\(延长工作时间加班费 = 月工资\div21.75\div8\times1.5\times延长工作小时数\)
- 休息日加班费（不能安排补休）：\(休息日加班费 = 月工资\div21.75\times2\times休息日加班天数\)
- 法定休假日加班费：\(法定休假日加班费 = 月工资\div21.75\times3\times法定休假日加班天数\)
- 例如，小王的月工资为5000元，一个月延长工作时间20小时，休息日加班2天（不能安排补休），法定休假日加班1天，那么他的加班费计算如下：
- 延长工作时间加班费：\(5000\div21.75\div8\times1.5\times20\approx862.07\)（元）
- 休息日加班费：\(5000\div21.75\times2\times2\approx919.54\)（元）
- 法定休假日加班费：\(5000\div21.75\times3\times1\approx689.66\)（元）
- 总加班费：\(862.07 + 919.54 + 689.66 = 2471.27\)（元）
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