关于公司代开发票是否合法的问题，这确实是一个需要细致分析的话题。首先，我们要明确的是，代开发票的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况来判断。
合法代开发票的情况：
税务机关代开：这是完全合法的。当小规模纳税人或临时经营的纳税人因自身无法开具发票时，他们可以向税务机关申请代开。比如，个体工商户在需要开具增值税专用发票，但自身不具备开具条件时，就可以向当地税务机关提出申请。这一行为有明确的法律依据，即《中华人民共和国发票管理办法》第十六条。
符合规定的委托代开：在某些特定行业或业务中，经过税务机关的批准，企业之间是可以进行委托代开发票的。例如，部分快递行业中的小型网点，在符合规定和程序的前提下，可以代总公司向客户开具发票。这种代开行为也是合法的，但必须严格遵循相关法规和程序。
违法代开发票的情况：
然而，在多数情况下，公司代开发票是违法的，这主要包括两种行为：
虚开发票：这是指在没有真实交易的情况下，为他人或为自己开具与实际经营业务不符的发票。比如，A公司与B公司之间并没有实际的交易，但A公司却为B公司开具了增值税专用发票，这就构成了虚开发票。这种行为是严重违法的，根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条，虚开增值税专用发票等，将面临严厉的刑罚，包括有期徒刑、无期徒刑，并处罚金或没收财产。
非法转借、转让代开发票：这是指将自己的发票非法转借给其他单位或个人使用，或将代开发票的资格非法转让。比如，C公司将自己的发票借给D公司使用，让D公司以C公司的名义开具发票，这就构成了非法转借发票。这种行为同样违法，根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十九条，将面临1万元至50万元不等的罚款，有违法所得的还将被没收。
结论与建议：
综上所述，公司代开发票的合法性取决于具体情况。在税务机关代开和符合规定的委托代开情况下，代开发票是合法的；但在虚开发票和非法转借、转让代开发票的情况下，则是违法的。因此，我建议公司应严格遵守税法规定，避免进行任何形式的违法代开发票行为。如果需要开具发票，应依法向税务机关申请开具，或者通过符合规定的委托代开方式进行，以确保合规性。这样不仅能避免法律风险，还能维护公司的良好信誉。