在劳动关系确认诉讼过程中，若个人主张单位侵占其财物，法院会结合劳动关系确认与财产侵占两个法律关系进行审理，核心结论需分情况讨论：

1. 若劳动关系确认与财物侵占存在直接关联
   例如：单位以“扣发工资、奖金”或“收取押金、保证金”等形式侵占财物，且该行为与劳动关系存续直接相关，法院会合并审理。

   • 审理逻辑：首先确认劳动关系是否存在（如劳动合同、工资发放记录、考勤等证据），若劳动关系成立，再审查单位侵占财物的行为是否合法（如是否违反《劳动合同法》第9条禁止收取押金、第30条禁止克扣工资等规定）。
     
   • 判决结果：若单位行为违法，法院会判决单位返还财物（如押金、被克扣的工资），并可能根据《劳动合同法》第84条、第85条要求单位支付赔偿金或加付赔偿金。

2. 若财物侵占与劳动关系无直接关联
   例如：单位以“个人借款未还”“损坏公司财物需赔偿”等理由侵占个人财物，但该理由与劳动关系无关（如借款行为发生在入职前，或赔偿主张缺乏证据），法院会分案处理。

   • 审理逻辑：劳动关系确认诉讼仅审查劳动关系是否存在，财物侵占问题需另行提起民事诉讼（如侵权之诉或不当得利之诉）。
     
   • 判决结果：在劳动关系确认诉讼中，法院仅确认劳动关系；在财物侵占诉讼中，若个人能证明单位占有财物无法律依据（如无合法借条、无赔偿协议），法院会判决单位返还财物。

3. 特殊情形：单位以“财物侵占”抗辩劳动关系确认
   例如：单位主张“双方是劳务关系，财物往来是合作分成”，试图否定劳动关系。此时法院会优先审查劳动关系，再处理财物问题。

   • 审理逻辑：根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》，法院会综合判断双方是否符合劳动关系特征（如管理性、从属性），若确认劳动关系，再审查单位抗辩的财物往来是否合理。
     
   • 判决结果：若劳动关系成立，单位抗辩不成立，仍需返还财物；若劳动关系不成立，财物问题按普通民事纠纷处理。

建议：若您遇到此类情况，需准备两类证据：

• 劳动关系证据：劳动合同、工资条、社保记录、考勤记录等；
  
• 财物侵占证据：转账记录、收据、聊天记录、单位规章制度等。
  

法院会根据证据链的完整性、行为合法性综合判断，您可直接向我咨询具体证据准备或诉讼策略。