当劳动合同中约定的经济补偿金高于当地上年度职工月平均工资的三倍时，我们首先要明确的是，这种情况下的经济补偿计算是受到特定法律规定的约束的，主要是为了保障劳动社会保障体系的公平性和稳定性。
一、经济补偿的计算原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》及其相关实施条例，对于月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的劳动者，其经济补偿的计算将遵循以下原则：
计算基数：以当地上年度职工月平均工资的三倍作为经济补偿的计算基数，而不是劳动者实际的高工资。
支付年限：尽管一般情形下经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准计算，但对于月工资高于当地职工月平均工资三倍的劳动者，支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
二、具体计算方式
经济补偿金的计算公式可以表示为：
经济补偿金 = 工作年限（最高不超过12年） × 当地上年度职工月平均工资 × 3
示例说明：
假设某地区上年度职工月平均工资为5000元，某劳动者在该地区工作了15年，且其月工资高于15000元（即当地职工月平均工资的三倍）。根据法律规定，该劳动者的经济补偿金应按照以下方式计算：
经济补偿金 = 12年（最高年限） × 5000元/月（当地职工月平均工资） × 3 = 180000元
三、其他相关事项
赔偿金的计算：如果用人单位违反法律规定解除或终止劳动合同，且劳动者不要求继续履行或劳动合同已无法继续履行，用人单位需支付赔偿金。赔偿金的标准是经济补偿标准的二倍，但同样受到三倍封顶的限制。
社会保险和住房公积金的缴纳：对于工资高于当地上年度职工月平均工资三倍的劳动者，其社会保险和住房公积金的缴纳基数也通常设有上限，多为当地上年度全口径城镇单位就业人员平均工资的三倍。当劳动者工资高于此上限时，社保和公积金的缴纳基数将按照上限确定。
法律程序和权益保障：劳动者和用人单位在解除或终止劳动合同时，应依法办理相关手续，包括出具证明、办理档案和社会保险关系转移等。这些规定旨在保障劳动者的合法权益，同时防止用人单位因支付过高的经济补偿或赔偿金而承担过重的经济负担。
综上所述，当劳动合同中约定的经济补偿金高于当地上年度职工月平均工资的三倍时，我们应按照特定法律规定来计算和支付经济补偿金，以确保双方权益的平衡和劳动社会保障体系的正常运行。