纪委认定单位虚开发票，主要违反了《中华人民共和国刑法》及《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定。具体分析如下：

1. 《中华人民共和国刑法》中的虚开发票罪
   根据《刑法》第二百零五条之一，单位若存在为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开发票等行为，情节严重的，构成虚开发票罪。单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处三年以下有期徒刑或者拘役；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
   关键点：纪委认定虚开发票行为后，若涉嫌犯罪，将移送司法机关追究刑事责任，单位及责任人可能面临刑罚。

2. 《中华人民共和国发票管理办法》中的行政处罚
   根据《发票管理办法》第二十二条，任何单位和个人不得虚开发票（包括为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票）。若单位违反该规定，由税务机关没收违法所得，并处以罚款：

• 虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下罚款；
  
• 虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下罚款；
  
• 构成犯罪的，依法追究刑事责任。
  关键点：即使未达到刑事立案标准，单位仍可能面临行政处罚，包括罚款和没收违法所得。

1. 纪委的监督与处分依据
   纪委作为党内监督机关，若发现单位虚开发票行为涉及党员干部违纪（如贪污、受贿、挪用公款等），将依据《中国共产党纪律处分条例》对相关责任人给予党纪处分（如警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看、开除党籍等）。
   关键点：纪委的认定可能同时触发党纪处分和刑事/行政责任，形成“纪法衔接”的双重追责。

总结：单位虚开发票行为可能同时涉及刑事犯罪（《刑法》）、行政违法（《发票管理办法》）及党纪处分（《中国共产党纪律处分条例》），具体责任需根据行为性质、金额及后果综合判定。若您或所在单位涉及此类问题，可直接向我咨询具体法律风险及应对方案。