结论：该借款行为属于个人借款还是公司借款，需根据具体情况判断，主要看借款的实际用途、借款协议的约定以及资金流向等因素。以下从不同角度进行分析：
一、借款协议与资金流向
借款协议约定：
- 如果借款协议中明确约定借款人为法人代表个人，且借款用途为个人用途（如个人消费、投资等），即使加盖了公司公章，该借款仍应视为个人借款。因为公章的加盖可能仅代表法人代表以公司名义进行某种行为，但并不改变借款协议中约定的借款主体和用途。
- 如果借款协议中明确约定借款人为公司，且借款用途为公司经营或项目开发等，即使借款打入法人代表个人账户，但根据协议约定和资金实际用途，该借款应视为公司借款。不过，这种情况下，法人代表可能涉及挪用资金或侵占公司财产等法律责任，需进一步分析。
资金流向与实际用途：
- 借款打入法人代表个人账户后，如果资金实际用于公司经营或项目开发等，且能够提供相应证据（如转账记录、发票、合同等）证明资金用途，那么该借款可能被视为公司借款。但这种情况下，法人代表需承担资金管理的责任，确保资金合规使用。
- 如果借款打入法人代表个人账户后，资金被用于个人消费、投资等非公司用途，且无法提供证据证明资金用于公司，那么该借款应视为个人借款。
二、法律责任与后果
个人借款：
- 如果借款被认定为个人借款，法人代表需承担个人还款责任。如果法人代表无法按时还款，债权人可以依法向法院提起诉讼，要求法人代表个人承担还款责任。
- 在这种情况下，公司公章的加盖可能构成表见代理或无权代理等情形，但不影响借款主体的认定。公司可能因公章管理不善而承担一定的管理责任，但不影响借款本身的性质。
公司借款：
- 如果借款被认定为公司借款，公司需承担还款责任。如果法人代表擅自将借款用于个人用途或挪用资金，可能构成挪用资金罪或职务侵占罪等刑事犯罪，需承担相应的刑事责任。
- 同时，公司可能因法人代表的违法行为而遭受经济损失和声誉损害，需采取相应措施维护自身权益。
三、建议与措施
对于债权人：
- 在签订借款协议时，应明确约定借款主体、借款用途、还款方式等条款，并要求借款人提供相应的担保措施（如抵押、质押等）以降低风险。
- 在借款发放后，应密切关注资金流向和实际用途，确保资金合规使用。如发现异常情况，应及时采取措施保护自身权益。
对于公司：
- 应加强公章管理，确保公章的使用符合公司规定和法律法规要求。对于法人代表以公司名义进行的借款行为，应进行严格审查和监督。
- 如发现法人代表擅自借款或挪用资金等违法行为，应及时采取措施制止并追究其法律责任。同时，应加强与债权人的沟通协商，共同维护公司权益。
总结：该借款行为属于个人借款还是公司借款需根据具体情况判断。在处理此类纠纷时，应综合考虑借款协议约定、资金流向与实际用途以及法律责任与后果等因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。