结论前置：公司在发放生育津贴时扣除休产假期间已发放的工资是不合法的，女职工有权依法维护自己的合法权益。

一、法律依据与产假工资及生育津贴的支付规定

1. 《中华人民共和国劳动法》相关规定：

   • 第六十二条明确规定，女职工生育享受不少于九十天的产假，这是法律赋予的特殊保护。
   • 第五十条指出，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

2. 《女职工劳动保护特别规定》进一步细化：

   • 第五条强调，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。
   • 第八条明确，女职工产假期间的生育津贴，对已经参加生育保险的，按照用人单位上年度职工月平均工资的标准由生育保险基金支付；对未参加生育保险的，按照女职工产假前工资的标准由用人单位支付。

二、生育津贴与产假工资的关系及公司扣除工资的不合理性

1. 生育津贴的性质：生育津贴是女职工因生育离开工作岗位期间的生活费用补贴，旨在保障其基本生活，是对生育期间收入损失的一种补偿。

2. 生育津贴与产假工资不应相互抵扣：

   • 基本工资是劳动合同约定的劳动报酬，而生育津贴是社会保障制度提供的福利。两者性质不同，不应相互抵扣。
   • 用人单位在产假期间发放的基本工资，是其对女职工的正常薪酬支付，而生育津贴是国家对女职工生育期间的额外补贴。

3. 公司扣除工资的不合理性：

   • 违反法律规定：如前所述，《中华人民共和国劳动法》和《女职工劳动保护特别规定》均明确禁止用人单位因女职工生育而降低其工资或福利待遇。
   • 违背生育津贴目的：生育津贴的目的是为了保障女职工在生育期间的基本生活，扣除基本工资与之相悖。
   • 损害女职工权益：此做法损害了女职工的合法权益，包括其经济收入和劳动权益。

三、女职工的维权途径

1. 沟通协商：首先尝试与用人单位沟通，要求按规定支付产假工资和生育津贴，不得扣除已发放的工资。

2. 投诉举报：若沟通无果，可向当地劳动监察部门投诉，要求纠正错误行为。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并责令其改正。

3. 法律救济：必要时，女职工可向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，或直接向人民法院提起诉讼，要求用人单位支付应得工资及相应赔偿。在仲裁或诉讼过程中，女职工应提供相关证据，如劳动合同、工资单、生育津贴发放记录等，以证明自己的权益受到侵害。

总结：公司在发放生育津贴时扣除休产假期间已发放的工资是不合法的。女职工应了解自己的合法权益，并在遇到此类问题时积极采取措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。