结论：已经分开三年是否还可以告“小三”，这主要取决于您想要追究“小三”的何种法律责任以及您所掌握的证据情况。以下从不同角度为您详细分析：
一、若想追究“小三”的民事赔偿责任
法律背景：
- 在婚姻关系存续期间，若“小三”与您的配偶存在不正当关系，并因此给您造成了精神损害或财产损失，您理论上可以向“小三”主张民事赔偿责任。但这一主张的成立，需要您能够证明“小三”的行为与您的损害之间存在直接的因果关系，且“小三”存在过错。
证据要求：
- 您需要收集到确凿的证据，如聊天记录、照片、视频等，以证明“小三”与您的配偶存在不正当关系。
- 同时，您还需要证明这种不正当关系给您造成了实际的损害，如精神损害抚慰金、财产损失等。
时间限制：
- 民事诉讼一般有时效限制，但具体是否超过时效，需要根据您想要主张的具体权利和当地法律规定来判断。不过，从实践角度来看，即使分开三年，只要您能提供充分证据，仍有可能向法院提起诉讼。
二、若想追究“小三”的刑事责任（如重婚罪）
法律背景：
- 如果“小三”与您的配偶以夫妻名义共同生活，或者明知他人有配偶而与之结婚，那么“小三”可能构成重婚罪。但这一罪名的成立，需要满足严格的法律条件。
证据要求：
- 您需要收集到能够证明“小三”与您的配偶以夫妻名义共同生活的证据，如共同居住的证明、邻居的证言、公开场合的亲密行为等。
- 或者，如果您能证明“小三”与您的配偶已经登记结婚（在明知对方有配偶的情况下），那么也可以构成重婚罪。
时间限制与追诉时效：
- 重婚罪的追诉时效一般为五年，从犯罪之日起计算。如果分开三年后您才发现“小三”与您的配偶存在重婚行为，且该行为仍在追诉时效内，那么您可以向公安机关报案，由公安机关依法处理。
- 但需要注意的是，如果“小三”与您的配偶的重婚行为已经超过了追诉时效，那么您将无法再通过刑事途径追究其责任。
三、实际操作建议
收集证据：
- 无论您想要追究“小三”的何种责任，收集证据都是关键。您需要尽可能多地收集能够证明“小三”与您的配偶存在不正当关系或重婚行为的证据。
咨询律师：
- 在采取任何法律行动之前，建议您先咨询专业律师（即向我咨询），了解您的权利和义务以及可能面临的法律风险。
考虑实际效果：
- 在决定是否要告“小三”之前，您还需要考虑实际效果。诉讼可能需要花费大量的时间和精力，而且结果并不一定如您所愿。因此，在做出决定之前，请务必权衡利弊。
最后，如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供更全面、更专业的法律服务。