公司以不打卡为由开除员工是否合理，需综合考量公司规章制度、员工不打卡的具体原因及后果、以及解雇程序的合法性等多个因素，仅因不打卡就开除员工并不总是合理。以下是对此问题的详细分析：
一、公司规章制度的合法性与明确性
规章制度合法性：
- 公司必须制定合法、合理且明确的打卡制度，该制度需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并向员工进行公示或告知。若公司缺乏这样的规章制度，或制度内容不合理、未公示，则以此为由开除员工将可能面临法律风险。
- 举例：若公司从未制定过关于打卡的具体规定，或规定未经合法程序制定和公示，那么员工不打卡的行为不能被视为违反公司规章制度，公司以此为由开除员工是不合理的。
规章制度内容合理性：
- 打卡制度应合理且具有可操作性，不能过于苛刻或缺乏弹性。例如，对于因工作原因需要外出或灵活办公的员工，打卡制度应提供相应的豁免或替代方案。
二、员工不打卡的具体原因及后果
正当理由：
- 若员工因不可抗力、紧急公务、生病等合理原因未能打卡，并能提供相应证明或合理解释，公司应予以理解和认可，不得随意开除。
- 举例：员工因突发疾病未能打卡，但当天正常到岗工作，且平时表现良好，公司直接开除显然不合理。
无正当理由：
- 若员工多次无故不打卡，且经公司多次提醒仍不改正，特别是当不打卡行为对公司的正常工作秩序、生产经营造成严重影响时，公司可根据规章制度解除劳动合同。
- 举例：员工频繁无故不打卡，导致工作流程混乱，给公司带来严重损失，公司开除则是合理的。
三、解雇程序的合法性
沟通与警告：
- 在解雇员工之前，公司需与员工进行沟通，听取员工申辩，并给予员工改正机会。未经这些程序就直接解雇员工，可能构成违法解雇。
- 举例：公司在未与员工沟通、未给予警告或改正机会的情况下，直接以不打卡为由开除员工，这样的做法可能违反法律规定。
解除劳动合同的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。但这一条款的适用需严格满足条件，即规章制度合法、员工行为严重违反规章制度、且解雇程序合法。
四、可能的法律后果
公司合法解除：
- 若公司规章制度合法、员工无正当理由多次不打卡且经提醒不改、解雇程序合法，则公司无需支付经济补偿金。
公司违法解除：
- 若公司规章制度存在问题、员工有正当理由未打卡、或解雇程序不合法，则公司可能构成违法解除劳动合同，需按经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金（工作每满一年支付两个月工资）。
总结与建议：
公司以不打卡为由开除员工是否合理，需综合考量公司规章制度的合法性与明确性、员工不打卡的具体原因及后果、以及解雇程序的合法性等多个方面。作为员工，应了解自己的合法权益，遵守公司规章制度；若因特殊原因无法打卡，应及时向公司说明情况并提供证明。作为公司，应制定合法、合理且明确的打卡制度，并确保解雇程序的合法性。如有任何疑问或争议，建议直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。