结论前置：在您描述的情形下，甲方在支付360万款项时未要求乙方开票，直到工程做完尾款时才要求乙方开票，这一要求本身并不违法，但具体是否合法还需结合合同条款、交易习惯及双方实际履行情况综合判断。以下从几个关键角度进行分析：

1. 合同条款的约定：

   • 如果合同中明确约定了“先票后款”的支付方式，即乙方需先开具发票，甲方再支付款项，那么甲方在支付360万时未要求开票，可能构成对合同条款的暂时偏离或宽容。但这并不意味着甲方放弃了要求乙方开票的权利。在工程完工后，甲方仍有权依据合同要求乙方开具剩余款项（包括已付360万和尾款）的发票。
   • 如果合同中未明确约定“先票后款”，而是约定了其他支付方式或未明确支付与开票的顺序，那么甲方在支付款项后要求乙方开票，应视为对合同履行方式的一种合理要求，乙方应当配合。

2. 交易习惯与行业惯例：

   • 在某些行业或交易中，可能存在“先款后票”或“同时履行”（即款项与发票同时交付）的交易习惯。如果双方在之前的交易中一直遵循这种习惯，且未对此提出异议，那么可以视为双方对交易方式的一种默示约定。然而，这种默示约定并不排除在特定情况下（如工程完工后）对开票要求的明确化。
   • 如果行业惯例或交易习惯并不明确，或者双方对此存在争议，那么应依据合同条款和法律规定来确定双方的权利义务。

3. 法律规定的义务：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。因此，乙方作为收款方，有义务在收到款项后向甲方开具发票。
   • 甲方作为付款方，有权要求乙方开具发票，这是其合法权利。乙方不得以任何理由拒绝开具发票，否则可能面临税务机关的处罚。

4. 实际履行情况与后续处理：

   • 如果甲方在支付360万时未要求开票，但乙方自愿开具了发票，那么双方应按照发票记载的内容进行税务处理和财务核算。
   • 如果甲方在支付360万时未要求开票，且乙方也未开具发票，那么在工程完工后，甲方要求乙方开具包括已付360万和尾款在内的全部发票，是合理的且合法的。乙方应当配合开具，并确保发票的真实、合法和有效。

建议：

• 双方应首先审查合同条款，明确“先票后款”或其他支付与开票的约定。
• 如果合同条款不明确或存在争议，可以参考交易习惯和行业惯例进行协商。
• 无论如何，乙方作为收款方都有义务在收到款项后开具发票，甲方作为付款方有权要求乙方开具发票。
• 如果双方无法协商一致，可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。

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