员工手册中规定病假工资只发基本工资，这一做法是否合法，需结合具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 法律法规层面

   • 根据劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》，职工患病或非因工负伤治疗期间，企业应支付的病假工资或疾病救济费，不得低于当地最低工资标准的80%。这意味着，病假工资的发放并非仅限于基本工资，而是需确保不低于这一法定最低标准。
   • 《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》明确了医疗期的定义及时长，但并未直接规定病假工资的具体发放标准。不过，它强调了医疗期内企业应给予员工一定的工资待遇保障。

2. 地区性差异

   • 不同地区对于病假工资的计算基数和发放比例有具体规定。例如，在上海，若劳动合同或集体合同中有关于病假工资计算基数的约定，且不低于当地标准，则按约定执行；否则，将按照正常出勤月工资的一定比例（如70%）确定，但不得低于本市最低工资标准的80%。其他地区也有类似规定，但具体比例和基数可能有所不同。
   • 因此，若员工手册中的规定符合当地法律法规对于病假工资的最低标准要求，则该规定在法律上是可行的。

3. 用人单位规章制度层面

   • 在不违反法律法规强制性规定的前提下，用人单位有权通过合法的规章制度来规定病假工资的发放标准。这意味着，如果员工手册中的规定不低于当地最低工资标准的80%，且经过民主程序制定并公示，那么该规定在内部管理上是有效的。
   • 然而，如果用人单位试图通过规章制度将病假工资标准降低至法定下限以下，则这种做法是违法的，员工有权依法维护自己的合法权益。

4. 实例说明

   • 假设员工小李的正常月工资为5000元，其中基本工资2500元，绩效工资2500元。若当地规定病假工资不得低于最低工资标准（假设为2000元）的80%，即1600元。
     • 如果员工手册规定病假工资只发基本工资2500元，这明显高于法定最低标准，因此是合法的。
     • 但如果员工手册规定病假工资只发500元，则明显低于法定标准，侵害了小李的权益，此时小李可以依法维权。

总结与建议：

• 员工手册中规定病假工资只发基本工资，其合法性取决于该标准是否不低于当地最低工资标准的80%。
• 建议企业在制定或修订规章制度时，充分考虑员工的合法权益，确保病假工资的发放既合法又合理。
• 对于员工而言，也应了解自身权益，如遇病假工资发放不当的情况，可依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。