公务员回避关系中，若不属于同一部门，是否需要回避需根据具体情形判断，并非绝对需要回避。以下从不同角度详细分析：

一、任职回避（静态回避）

1. 核心要求：公务员之间存在夫妻关系、直系血亲关系、三代以内旁系血亲关系以及近姻亲关系的，不得在同一机关担任直接上下级领导职务，或一方担任领导职务，另一方从事组织人事、纪检监察、审计财务等敏感工作，以及其他可能影响公正履职的岗位。
2. 部门影响：若公务员之间的亲属关系或利益关联不涉及同一部门内的直接上下级关系或敏感岗位，且不存在其他可能影响公正履职的情形，则不属于同一部门通常不构成任职回避的直接理由。但需注意，若双方虽不在同一部门，但存在跨部门的直接管理或监督关系，仍可能触发回避。

二、公务回避（动态回避）

1. 核心要求：公务员在执行公务时，若涉及本人或上述亲属的利益事项，需主动申请回避。
2. 部门影响：公务回避的核心在于公务行为的公正性，而非部门归属。因此，即使公务员不属于同一部门，若在执行公务时涉及本人或亲属的利益事项，仍需回避。例如，A部门公务员在审批B部门提交的项目时，发现申报企业为配偶经营的公司，此时虽不属于同一部门，但仍需回避。

三、地域回避

1. 核心要求：公务员担任乡级机关、县级机关及其有关部门主要领导职务的，一般不得在原籍、成长地任职。
2. 部门影响：地域回避主要关注的是公务员的任职地域，而非部门。因此，地域回避与是否属于同一部门无直接关联。

四、实际操作建议

1. 主动申报：公务员应如实填写亲属关系信息表，并在职务变动或执行公务时主动申报可能存在的回避情形。
2. 单位核查：单位人事部门应定期核查公务员的亲属关系，并在发现可能存在回避情形时及时提出回避建议。
3. 灵活调整：对于需要回避的情形，单位应通过调岗、交流等方式灵活调整，确保公务员的公正履职。

总结来说，公务员回避关系中，不属于同一部门并不意味着绝对不需要回避。是否需要回避需根据具体情形判断，包括是否存在直接上下级关系、敏感岗位关系、公务利益关联以及地域限制等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。