针对您提出的“工程合同未完成扣款怎么办”的问题，这实际上涉及到工程合同逾期未完成时的赔偿问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、核心原则
在处理工程合同未完成导致的扣款或赔偿问题时，我们首先要遵循的核心原则是“有约定从约定，无约定赔实际损失”。这意味着，如果合同中有明确的赔偿条款，那么双方应按照合同约定来执行；如果合同中没有明确约定，那么赔偿应基于实际损失来确定。
二、赔偿原则与法律依据
赔偿原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担赔偿损失等违约责任。
- 赔偿应体现意思自治原则，即首先依据合同中的约定执行。
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》第五百八十四条规定，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。
- 第五百八十五条则允许当事人约定违约金或损失赔偿额的计算方法，并规定了违约金的调整机制。
三、赔偿方式与具体操作
合同有明确约定时：
- 固定金额赔偿：如果合同中约定了每日或每阶段的固定违约金，那么应按照约定支付。
- 按工程价款比例赔偿：如果合同中约定了根据工程总价款的一定比例来支付违约金，那么也应按照约定执行。
- 操作要点：在签订合同时，应确保赔偿条款明确、具体，且不违反法律法规的强制性规定。
合同无约定或约定不明时：
- 赔偿实际损失：包括直接损失（如场地租赁费、设备闲置费等）和间接损失（如预期利润损失等）。但间接损失的计算应合理，不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的范围。
- 参照相关标准或惯例：在无明确约定且实际损失难以确定时，可以参照行业标准、市场惯例或类似工程情况来确定赔偿金额。
- 操作要点：在估算间接损失时，应充分考虑各种因素，确保赔偿金额的公平合理性。
四、赔偿限额与调整
赔偿限额：
- 在赔偿实际损失时，应注意赔偿金额不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失范围。
违约金调整：
- 如果合同中约定的违约金过高或过低，当事人可以请求人民法院或仲裁机构予以适当调整。调整时，会考虑实际损失、合同履行情况、过错程度及预期利益等因素。
五、法律救济与建议
法律救济：
- 如果双方无法就赔偿问题达成一致，可以通过诉讼或仲裁途径来解决争议。在诉讼或仲裁过程中，需要提供充分的证据来支持各自的主张。
建议：
- 在签订工程合同时，应明确约定赔偿条款，包括赔偿方式、赔偿限额等，以减少后续争议。
- 在工程实施过程中，应加强沟通与协调，及时解决问题，避免工期延误。
- 如果发生工期延误或未完成的情况，应尽快与对方协商解决方案，并保留好相关证据。
综上所述，处理工程合同未完成导致的扣款或赔偿问题时，应综合考虑合同约定、法律法规、实际损失情况以及赔偿限额等因素。双方应本着诚实信用原则，通过协商或法律途径妥善解决争议，以维护各自的合法权益。