关于生病当天电话请假后工资如何扣除的问题，需分情况讨论，核心结论如下：
若公司规章制度合法且已履行告知义务
根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因病请假需提供医疗机构证明（如病假条）。若您仅电话请假未补交证明，公司可能按事假处理，扣除当日全额工资（日工资=月工资÷21.75天）；若公司规章制度明确“未提交证明按旷工处理”，还可能面临纪律处分。
建议：尽快补交病假证明，并确认公司规章制度是否要求书面请假流程。
若公司规章制度未明确请假流程或未告知员工
根据《劳动合同法》第四条，公司规章制度需经民主程序制定并公示，否则对员工不生效。此时，您已履行通知义务（电话请假），公司不得单方面扣工资，应按正常出勤支付工资。若公司扣款，可要求其出示合法有效的规章制度依据。
建议：与公司沟通时，要求其提供规章制度文本并核对公示记录。
若公司以“未提前请假”为由扣款
根据《劳动部关于贯彻执行〈劳动法〉若干问题的意见》第59条，员工患病需停止工作医疗时，公司应按病假处理。紧急情况（如突发疾病）无法提前请假的，事后补交证明即可，公司不得以“未提前请假”为由扣款。
建议：保留就医记录（如挂号单、诊断证明），作为事后补交证明的依据。
总结：工资扣除需结合公司规章制度合法性、请假流程履行情况及医疗证明提交情况综合判断。若公司扣款缺乏依据，可先协商解决；协商不成，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。