结论：单位因员工失误导致6元损失，却考核员工406元，这一做法的合理性需结合具体情况分析，一般情况下，这种考核方式可能缺乏合理性，甚至可能违反相关法律法规。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同和规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了员工因失误造成损失时的赔偿或考核方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么单位按照合同约定进行考核是合法的。但即便如此，考核的金额也应当与员工的实际损失和过错程度相适应，不能显失公平。
规章制度规定：
- 单位制定的规章制度中如果包含了关于员工失误造成损失时的考核条款，且该规章制度已经过民主程序制定、公示或告知员工，那么单位可以依据规章制度进行考核。然而，规章制度的制定必须合法合理，不能侵犯员工的合法权益。如果规章制度中的考核条款过于苛刻，与员工的实际损失不成比例，那么该条款可能因显失公平而被认定为无效。
二、从法律法规的角度
《工资支付暂行规定》：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 在本案例中，如果员工的月工资较低，单位扣除406元后可能使其工资低于当地月最低工资标准，那么这种考核方式就违反了法律法规的规定。
合理性原则：
- 即便劳动合同或规章制度中有关于员工失误造成损失时的考核条款，单位在执行时也应遵循合理性原则。考核的金额应当与员工的实际损失和过错程度相适应，不能过分苛刻。如果单位因员工的小失误而给予过重的考核，这种做法可能缺乏合理性，甚至可能构成对员工权益的侵犯。
三、从实际操作的角度
沟通协商：
- 在处理此类问题时，单位应与员工进行充分的沟通协商，了解员工的实际情况和过错程度，共同确定一个合理的考核金额。通过沟通协商，可以增进双方的理解和信任，避免不必要的纠纷和冲突。
考虑员工承受能力：
- 单位在制定考核方案时，应充分考虑员工的经济承受能力和生活状况。如果考核金额过高，可能给员工带来过大的经济压力和生活困难，这也不利于单位的长期稳定发展。
建议：如果员工认为单位的考核方式不合理或违反了法律法规的规定，可以与单位进行协商沟通，寻求解决方案。如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。同时，单位也应反思自身的考核制度和管理方式，确保合法合理、公平公正地处理员工失误造成损失的问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。