结论前置：农民工因工资问题起诉但缺乏直接证据时，仍有可能立案，但需结合具体证据情况及法院审查标准综合判断。以下分情况说明：

1. 无直接证据但有其他间接证据时，可立案

根据《民事诉讼法》第122条，起诉需满足“有明确的被告、具体的诉讼请求和事实、理由”。若农民工虽无书面合同、工资条等直接证据，但能提供以下间接证据，法院通常会受理：

• 考勤记录：如工友证言、工地打卡记录、工作群聊天记录等，证明劳动关系及出勤情况；
• 工资支付记录：如银行转账记录（即使未标注“工资”）、微信/支付宝转账备注（如“生活费”）、现金支付时的收条等；
• 工作相关证据：如工作服、工牌、安全帽、工作现场照片或视频、工作工具等，证明与用人单位的关联性；
• 沟通记录：如与老板或财务的通话录音、短信、微信聊天记录，内容涉及工资数额、支付时间等。

法律依据：根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第90条，间接证据虽证明力较弱，但若能形成完整证据链，法院仍可采信。

2. 完全无任何证据时，立案难度较大，但并非绝对不能

若农民工完全无法提供任何书面或电子证据（如未签订合同、无转账记录、无工友作证等），法院可能以“证据不足”为由要求补充材料或不予立案。但以下情况仍可争取：

• 申请法院调查取证：根据《民事诉讼法》第67条，当事人因客观原因不能自行收集的证据（如用人单位掌握的考勤表、工资表等），可申请法院调取；
• 申请法律援助：若经济困难，可向当地法律援助中心申请指派律师协助收集证据（如申请劳动仲裁、调取工商登记信息等）；
• 利用“举证责任倒置”原则：在劳动争议中，部分证据（如用人单位掌握的工资支付记录）由用人单位承担举证责任，若其拒不提供，可能承担不利后果。

3. 建议行动步骤

1. 先尝试协商或投诉：向用人单位协商解决，或向当地劳动监察大队投诉（流程更快，且无需诉讼成本）；
2. 收集间接证据：即使证据有限，也需尽力整理（如工友联系方式、工作现场照片等）；
3. 咨询专业律师：律师可协助分析证据效力，制定诉讼策略（如申请调查取证、申请先予执行等）；
4. 及时起诉：若协商、投诉无果，需在3年诉讼时效内起诉（从拖欠工资之日起算）。

总结：无直接证据不等于无法立案，但需通过间接证据或法律程序弥补证据不足。建议尽快行动，避免因拖延丧失维权机会。如有具体问题，可直接向我咨询。