冻结薪资命令书发给工作单位，在符合法定程序和条件的情况下是合法的。以下从多个角度进行分析：
一、法律依据与程序要求
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法的相关规定》，如果因经济纠纷、债务纠纷等法律纠纷，一方当事人向法院申请财产保全，法院在审查后认为有必要，可以裁定对另一方的财产进行保全，包括冻结其银行账户、工资等。在这种情况下，法院会向相关单位（如工作单位）发出协助执行通知书，要求其协助冻结被保全人的薪资。
程序要求：
- 冻结薪资必须遵循严格的法律程序，包括申请、审查、裁定和执行等步骤。法院在作出冻结薪资的裁定前，会充分听取双方当事人的意见，并审查相关证据，确保裁定的合法性和合理性。
- 工作单位在收到法院的协助执行通知书后，有义务配合法院的执行工作，按照通知书的要求冻结被保全人的薪资。
二、合法性的具体情形
经济纠纷或债务纠纷：
- 在经济纠纷或债务纠纷中，如果一方当事人担心另一方会转移财产或逃避债务，可以向法院申请财产保全，包括冻结其薪资。这种情况下，冻结薪资是合法的，且有助于保护申请人的合法权益。
刑事案件中的赃款追缴：
- 在刑事案件中，如果被告人的违法所得需要追缴，法院也可以裁定冻结其薪资等财产，以确保赃款能够被顺利追回。这种情况下，冻结薪资同样是合法的。
三、非法冻结的情形与后果
非法冻结的情形：
- 如果冻结薪资的行为没有法律依据或违反了法定程序，如未经法院裁定擅自冻结、冻结金额超过法定限额等，则属于非法冻结。
非法冻结的后果：
- 非法冻结薪资可能侵犯被冻结人的合法权益，导致其生活困难或无法履行其他法律义务。在这种情况下，被冻结人有权向法院提出异议，要求解除冻结或赔偿损失。同时，非法冻结行为也可能面临法律制裁，如罚款、拘留等。
四、建议与注意事项
对于被冻结人：
- 如果发现自己的薪资被非法冻结，应及时向法院提出异议，并提供相关证据证明冻结行为的非法性。同时，也可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并寻求法律援助。
对于工作单位：
- 工作单位在收到法院的协助执行通知书后，应认真审查通知书的合法性和有效性，并按照通知书的要求配合法院的执行工作。如果对通知书有疑问或异议，应及时向法院提出并寻求指导。
对于申请人：
- 在申请冻结薪资前，应充分了解相关法律法规和程序要求，确保自己的申请合法有效。同时，也应考虑冻结薪资可能对被冻结人造成的影响，并尽量在合法合规的前提下寻求其他解决方案。
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