结论：月工资10000元，一个月31天休息一天就扣工资，这一做法是否合法，需分情况讨论，若休息日属于正常轮休且已计入月工资计算周期内，则扣工资不合法；若休息日属于额外请假或旷工，则扣工资可能合法。以下为详细分析：
一、休息日属于正常轮休的情况
月计薪天数与工资计算：
- 根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》，月计薪天数为21.75天，这是计算日工资、小时工资的基准。
- 月工资10000元，若已按照21.75天进行折算，并包含了所有正常工作日的工资，则休息日（即正常轮休日）不应再额外扣除工资。
扣工资的合法性：
- 若用人单位在劳动者正常轮休日扣除工资，且该轮休日已计入月工资计算周期内，则这一做法不合法。因为劳动者已按照月计薪天数获得了相应的工资报酬，无需再为正常轮休日支付额外费用。
二、休息日属于额外请假或旷工的情况
请假或旷工的工资扣除：
- 若劳动者因个人原因需要额外请假或旷工，且该请假或旷工日未计入月工资计算周期内（即该日原本应为工作日），则用人单位有权根据规章制度扣除相应日期的工资。
- 扣除工资的标准应依据用人单位的规章制度和劳动合同的约定执行，但不得低于当地最低工资标准，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准的80%（若劳动者提供了正常劳动）。不过，在劳动者未提供正常劳动的情况下（如旷工），用人单位可以全额扣除该日工资。
合法扣除工资的条件：
- 用人单位需有明确的规章制度，并事先告知劳动者请假或旷工的工资扣除标准。
- 扣除工资需符合法律法规的规定，不得随意扩大扣除范围或提高扣除比例。
三、具体计算示例（假设休息日属于额外请假）
若劳动者月工资为10000元，月计薪天数为21.75天，则日工资为：
\(日工资 = \frac{10000}{21.75} \approx 459.77元\)
若劳动者因个人原因请假1天，且该日原本应为工作日，则用人单位可扣除的工资为459.77元（假设无其他特殊规定或约定）。但需注意，若劳动者该月已提供了正常劳动（即除请假日外均出勤），则扣除后的工资不得低于当地最低工资标准的80%（具体比例可能因地区而异）。不过，在旷工的情况下，用人单位可以全额扣除该日工资。
四、建议与总结
建议：
- 劳动者应仔细阅读劳动合同和用人单位的规章制度，了解请假、旷工等情形的工资扣除标准。
- 若用人单位存在违法扣除工资的行为，劳动者可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结：
- 月工资10000元，一个月31天休息一天就扣工资是否合法，需根据休息日的性质（正常轮休还是额外请假/旷工）以及用人单位的规章制度和劳动合同的约定来判断。
- 在正常情况下，劳动者无需为正常轮休日支付额外费用；若因个人原因需要额外请假或旷工，则需根据用人单位的规章制度和法律法规的规定承担相应责任。
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