结论前置：针对您提出的“仲裁后员工申请了强制执行，但是公司也上诉了怎么办”的问题，这实际上涉及到了两个并行的法律程序——强制执行程序和上诉程序。以下我将从这两个程序的关系、公司的上诉对强制执行的影响以及您应如何应对等方面，为您详细分析。
强制执行程序与上诉程序的关系
- 强制执行程序是基于已经生效的仲裁裁决或法院判决，由法院强制义务人履行义务的程序。
- 上诉程序则是当事人对一审判决或仲裁裁决不服，向上一级法院或仲裁机构申请重新审理的程序。
- 这两个程序在法律上是并行的，即强制执行程序的进行并不因上诉程序的启动而自动中止，除非法院依法作出中止执行的裁定。
公司上诉对强制执行的影响
- 一般情况下：公司上诉并不直接导致强制执行程序的中止。员工仍可以继续申请强制执行，法院也会依法进行执行。
- 特殊情况下：如果公司提供了充分的担保（如保证金、担保物等），或者法院认为执行可能造成难以弥补的损失，且中止执行不损害公共利益，法院可能会裁定中止执行，待上诉结果出来后再决定是否恢复执行。
您应如何应对
- 了解上诉情况：首先，您需要了解公司上诉的具体理由和依据，以及上诉法院或仲裁机构的受理情况。这有助于您评估上诉的可能结果和强制执行的前景。
- 继续申请强制执行：除非法院裁定中止执行，否则您应继续向法院申请强制执行，并提供必要的执行材料和证据。
- 关注执行进展：在强制执行过程中，您应密切关注执行进展，及时与法院沟通，了解执行情况，确保执行程序顺利进行。
- 准备应对上诉结果：同时，您也应准备应对上诉结果。如果上诉法院或仲裁机构维持原裁决或判决，那么强制执行将继续进行；如果上诉法院或仲裁机构改判或撤销原裁决或判决，那么您可能需要根据新的裁决或判决来调整您的执行策略。
额外建议：
- 在整个过程中，建议您保持与法院的沟通畅通，及时了解案件进展和法院的要求。
- 如果您对法律程序或法律文书不熟悉，可以考虑寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保障。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》和相关仲裁法规，强制执行和上诉是两个独立的法律程序，它们各自有其独立的程序规则和法律效果。
- 法院在决定是否中止执行时，会综合考虑多种因素，包括当事人的申请、担保情况、执行可能造成的损失以及公共利益等。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。