应届生三方协议中违约金超过5000元是否合法，需结合具体情况及法律法规进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 合法情况

   • 专项培训服务期约定：根据《劳动合同法》第二十二条，若用人单位为应届生提供专项培训费用并进行专业技术培训，同时约定了服务期，则劳动者违反服务期约定时，需按约定支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且应按服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用计算。若三方协议中约定的违约金5000元未超过用人单位提供的培训费用，且按服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用计算得出，则该约定是合法的。例如，某企业为应届生提供价值2万元的专业技术培训，约定5年服务期。若应届生工作1年后离职，应支付的违约金最高不超过16000元（按剩余4年服务期分摊计算），在此情况下，约定5000元违约金是合法的。

   • 竞业限制条款约定：根据《劳动合同法》第二十三条，若用人单位与应届生在劳动合同（或三方协议中作为预约合同的部分）中约定了保守商业秘密和与知识产权相关的保密事项，并约定了竞业限制条款及经济补偿，则劳动者违反竞业限制约定时，需按约定支付违约金。若三方协议中约定的5000元违约金是基于合理的竞业限制条款，且用人单位已承诺支付经济补偿，则该约定是合法的。例如，某科技公司招聘应届生，因其可能接触核心技术和商业机密，故在三方协议中约定了竞业限制条款及5000元违约金，并承诺在竞业限制期限内按月给予经济补偿。若应届生违反该约定，公司要求其支付5000元违约金是合法的。

2. 不合法情况

   • 除法定情形外约定违约金：根据《劳动合同法》第二十五条，除专项培训服务期和竞业限制两种情形外，用人单位不得与应届生约定由其承担违约金。若三方协议中约定的5000元违约金并非基于上述两种法定情形，而是用人单位单方面设定，以限制应届生离职等为目的，则该违约金条款是不合法的。例如，某公司在与应届生签订三方协议时，未提供专项培训费用或约定竞业限制条款，仅因担心应届生提前离职而约定5000元违约金，则该违约金条款是不合法的。

3. 其他注意事项

   • 违约金上限认知：虽然通常认为应届生违约金的上限为5000元，但这并非法律强制性规定，而是基于惯例和公平原则的一种普遍认知。实际操作中，违约金的数额应当合理，不得过高，否则可能被视为显失公平。

   • 三方协议的性质：三方协议（即就业协议）属于预约合同，非正式劳动合同。其中约定的违约金条款同样需遵循公平、合理原则。若三方协议中约定的违约金超过合理范围且无合理依据，应届生有权请求调整或主张该条款无效。

建议：应届生在签订三方协议时，务必仔细阅读条款内容，了解自己的权利和义务。对于违约金等关键条款，应特别关注其是否符合法律法规的规定，并在必要时寻求法律专业人士的帮助以确保自身权益不受侵害。若你对三方协议中的违约金条款有疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。