综合计算工时工作制（综合工时制）在实施过程中，确实需要员工的同意，并且这一过程通常伴随着一系列正式的申请和审批流程。以下是对这一问题的详细解答：
一、综合工时制的定义与适用条件
综合计算工时工作制是针对因工作性质特殊需连续作业的岗位，或受季节和自然条件限制需要集中作业的岗位，采用的以周、月、季、半年、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。其核心在于，虽然工作时间可能在不同周期内有所波动，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
二、实施综合工时制需员工同意的原因
- 保障员工权益：综合工时制可能涉及工作时间的长短和分布，直接影响到员工的休息和生活。因此，在实施前征得员工同意，是保障员工合法权益的重要体现。
- 符合法律法规要求：根据相关法律法规，企业实行特殊工时制度（包括综合计算工时工作制）需要经过一定的审批程序，并且这一过程中通常要求企业向劳动保障行政部门提交包括职工签名表在内的相关材料，以证明员工对实行该制度的同意。
三、实施综合工时制的具体流程
- 企业申请：企业因生产特点或工作性质需要实行综合计算工时工作制的，应向企业法人工商营业执照登记注册地县级以上劳动保障行政部门提出申请。
- 提交材料：企业在申请时，需要提交一系列材料，包括但不限于企业实行综合计算工时工作制申请表、申请报告、实施方案、工时管理及工资支付规章制度、职工名册及职工签名表等。其中，职工签名表是证明员工同意实行综合计算工时工作制的重要文件。
- 审批与公示：劳动保障行政部门在收到申请后，会对企业报送的申请材料进行审核，并根据需要进行实地核查。审批通过后，企业需要将劳动保障行政部门的批准决定在单位内公示，明确实行的工种及人员，并在劳动合同中予以明确。
四、注意事项
- 不得混岗混员：企业应严格按照批准的范围实行综合计算工时工作制，不得混岗混员、擅自扩大实行范围。
- 合理安排休息：企业应根据标准工时制度合理确定劳动者的劳动定额和其他考核标准，合理安排劳动者休息，确保员工的身心健康。
- 计发加班工资：对实行综合计算工时工作制的职工，企业应按相关规定计发加班或延长工作时间工资，保障员工的经济利益。