结论：公司发现员工违法后，没有选择立案而是让员工自己离职，这一行为本身并不直接构成违法，但具体是否合法需根据员工违法的性质、公司规章制度以及双方协商情况等多方面因素综合判断。

分析如下：

1. 员工违法性质与处理方式：

   • 如果员工涉嫌的是刑事犯罪，公司应当及时向公安机关报案，由司法机关依法处理。此时，公司让员工自己离职可能只是公司内部的一种管理措施，并不影响司法机关对员工的刑事追责。但公司若明知员工犯罪而不报案，可能涉及包庇等违法行为。
   • 如果员工违反的是公司规章制度或劳动纪律，但并未构成刑事犯罪，公司有权根据公司规章制度对员工进行处理。让员工自己离职可以视为公司对员工的一种处分方式，但前提是这种处分方式必须符合公司规章制度和法律法规的规定。

2. 公司规章制度与劳动合同：

   • 公司规章制度是公司内部管理的重要依据，但必须符合法律法规的规定。如果公司规章制度中明确规定了员工违法后公司可以采取的处理方式，包括让员工自己离职，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司让员工自己离职的行为可能是合法的。
   • 劳动合同是公司与员工之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中约定了员工违法后公司可以解除劳动合同或让员工离职，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司让员工自己离职的行为也可能是合法的。

3. 协商与程序合法性：

   • 即使公司规章制度或劳动合同中有相关规定，公司在处理员工违法问题时也应遵循一定的程序。例如，公司应先进行调查核实，确认员工确实存在违法行为；然后，公司应与员工进行协商，告知员工其违法行为及可能面临的后果；最后，在双方协商一致的情况下，公司可以要求员工离职。如果公司未遵循这些程序，直接让员工离职，可能构成违法解除劳动合同。
   • 另外，如果员工不同意离职，公司不能单方面强制员工离职。公司应依法通过解除劳动合同等方式来处理，且解除劳动合同的理由必须合法、充分。

4. 可能的法律后果：

   • 如果公司让员工自己离职的行为违反了法律法规或公司规章制度，员工有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。例如，员工可能要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金等。

建议：

• 对于公司而言，在处理员工违法问题时，应首先确保自己的行为符合法律法规和公司规章制度的规定。同时，公司应加强与员工的沟通和协商，尽量通过和平、合法的方式解决问题。
• 对于员工而言，如果公司要求自己离职且自己认为公司的要求不合理或违法，可以及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

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