入职时约定发十三薪，后来不发是否违法，这主要取决于用人单位与劳动者之间的具体约定情况。以下从不同角度为您详细分析：
有明确约定的情况：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了十三薪的发放条件（例如完成年度工作任务、绩效达到特定标准等）、标准和时间，并且您已经满足了这些条件，那么公司应当按照约定支付十三薪。此时，公司无正当理由拒绝支付将构成违法，违反了劳动合同的约定以及《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》中关于工资支付的相关规定。
- 法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。尽管十三薪非法定工资项目，但一旦形成约定，即受此法保护。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
无明确约定或未达条件的情况：
- 如果劳动合同和公司规章制度中都没有关于十三薪的规定，或者虽然规定了但您未达到约定的支付条件，那么公司不发十三薪是合法的。因为在此情况下，公司没有法律上的支付义务。
针对您的情况，我给出以下建议：
- 首先，回顾劳动合同和公司规章制度：查看是否有关于十三薪的明确规定，以及您是否满足发放条件。
- 其次，与公司进行沟通协商：了解不发放十三薪的具体原因，尝试达成和解。
- 若协商无果，可以向当地劳动行政部门投诉：请求其介入调查并督促公司支付。
- 还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁：通过法律程序解决争议。如果对仲裁结果不服，还可以向人民法院提起诉讼，进一步维护自己的权益。
可能的法律后果：
- 如果公司无故拒绝支付已经约定的十三薪，且您通过法律途径维权成功，公司可能需要支付拖欠的十三薪，并可能面临劳动行政部门的处罚，如加付赔偿金等。
总之，十三薪的发放取决于用人单位与劳动者之间的约定。在存在有效约定的情况下，公司无故拒绝支付将构成违法；而在无约定或您未达到约定条件的情况下，公司不发十三薪则是合法的。您在面对此类问题时，应了解自己的权益和可能的法律救济途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。