企业与员工约定公积金公司部分与个人部分均由个人承担的条款，在法律上无效，且企业不能以此为由免除自身缴纳义务。以下从多个角度进行分析：

1. 法律强制性规定角度
   根据《住房公积金管理条例》第十九条、第二十条，企业必须为员工缴纳住房公积金，且缴费基数、比例需符合当地规定（通常企业与员工各承担一定比例，如5%-12%）。该义务属于法定义务，企业不得通过协议约定免除或转嫁。即使员工签署了“自愿承担全部费用”的协议，该条款因违反法律强制性规定而无效，企业仍需补缴其应承担部分。

2. 合同效力角度
   若企业与员工在劳动合同或补充协议中约定“公积金公司部分由个人承担”，该条款属于“以合法形式掩盖非法目的”（即企业试图通过协议规避法定缴费义务），根据《民法典》第一百五十三条，此类条款无效。员工可主张该条款无效，并要求企业补缴公积金。

3. 员工权益保护角度
   若企业未依法缴纳公积金，员工可向当地住房公积金管理中心投诉，要求企业补缴。若企业拒不补缴，可能面临行政处罚（如罚款、责令限期缴存），甚至被强制执行。此外，员工在离职时，若企业未依法缴纳公积金，可能影响其申请公积金贷款、提取等权益。

4. 实务建议

• 对企业：应严格遵守《住房公积金管理条例》，按比例为员工缴纳公积金，避免因违法操作引发行政处罚或劳动纠纷。
  
• 对员工：若发现企业未依法缴纳公积金，可先与企业协商补缴；协商无果的，可向住房公积金管理中心投诉，或通过劳动仲裁、诉讼等途径维权。
  

总结：企业与员工约定“公积金公司部分由个人承担”的条款无效，企业仍需依法履行缴费义务。若您遇到类似问题，可直接向我咨询具体操作流程及维权策略。