结论：在没有直接证据证明员工贪污的情况下，经侦部门是否会介入，取决于多种因素，包括案件的性质、线索的可靠性、以及是否存在其他间接证据或合理怀疑等。以下是对此问题的详细分析：
经侦部门的职责与立案标准：
- 经侦部门，即经济犯罪侦查部门，主要负责侦查经济犯罪案件。对于贪污等职务犯罪，经侦部门在接到报案、控告、举报或自行发现犯罪线索后，会进行初步审查。
- 立案的标准通常要求有犯罪事实存在，且需要追究刑事责任。这并不意味着必须有直接证据，但需要有足够的线索和合理怀疑来支持立案。
证据的类型与要求：
- 直接证据是直接证明案件主要事实的证据，如目击证人的证言、犯罪嫌疑人的供述、物证等。然而，在实际案件中，直接证据往往难以获取。
- 间接证据，如账目记录、交易记录、电子邮件、短信等，虽然不能直接证明犯罪事实，但可以与其他证据相结合，形成证据链，从而证明犯罪事实的存在。
- 在没有直接证据的情况下，如果间接证据充分且能够相互印证，形成完整的证据链，经侦部门仍然有可能立案侦查。
经侦部门的调查手段：
- 经侦部门在立案后，会采取一系列调查手段，如询问犯罪嫌疑人、询问证人、搜查、扣押、查封、冻结等，以收集证据和查明事实。
- 在调查过程中，经侦部门可能会发现新的证据或线索，这些证据或线索可能直接或间接证明员工是否存在贪污行为。
可能的情况分析：
- 情况一：如果报案人提供的线索模糊、不可靠，且没有其他间接证据支持，经侦部门可能会认为缺乏立案条件，从而不予立案。
- 情况二：如果报案人提供的线索虽然不直接，但与其他间接证据相结合后能够形成合理怀疑，经侦部门可能会立案侦查，并在侦查过程中进一步收集证据。
- 情况三：在侦查过程中，如果经侦部门发现了新的直接证据或间接证据，能够证明员工存在贪污行为，那么案件将进入刑事诉讼程序。
法律建议：
- 如果您认为员工存在贪污行为，但缺乏直接证据，建议您尽可能收集间接证据，如账目记录、交易记录等，并向经侦部门报案。
- 在报案时，应详细陈述案件事实、提供线索和证据，并配合经侦部门的调查工作。
- 如果您对经侦部门的处理结果有异议，可以依法申请复议或提起诉讼。
总结：在没有直接证据证明员工贪污的情况下，经侦部门是否会介入取决于多种因素。如果您认为存在贪污行为，应尽可能收集证据并向经侦部门报案。同时，您也应了解经侦部门的立案标准和调查手段，以便更好地配合调查工作。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。