关于出租人与承租人签订的在宅基地上建设厂房的租赁合同是否有效的问题，结论前置：该合同的效力需结合多方面因素综合判断，在满足一定条件下合同有效，但若存在违法违规情形，则可能导致合同无效。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同通常有效的情况
合同主体适格：
- 出租人和承租人都需要具备相应的民事行为能力，即双方均为精神正常、年满18周岁的成年人，能够清晰地理解合同内容并承担相应的法律责任。若一方为无民事行为能力人或限制民事行为能力人，且未经法定代理人追认，合同可能无效。
意思表示真实：
- 双方签订合同的意愿必须是真实的，不存在欺诈、胁迫等情形。出租人应如实告知承租人房屋的实际情况，包括宅基地的性质、房屋的合法性等，承租人自愿承租该房屋用于建设厂房。若一方通过欺诈手段使对方在违背真实意思情况下签订合同，受欺诈方有权请求撤销合同。
合同内容合法且符合宅基地使用规定：
- 合同条款应符合法律法规规定，不得违反法律强制性规定。租赁用途必须合法，虽然此处是建设厂房，但若该厂房建设符合当地规划，且未改变宅基地的集体所有性质，同时经过了本集体经济组织的同意，那么合同在内容上可能是合法的。
- 宅基地的使用应符合相关规定，房屋建设也应经过合法审批。若厂房建设已经获得了相关部门的批准，且符合土地利用总体规划和城乡规划，那么合同的合法性得到进一步保障。
不损害集体利益：
- 若承租人是本集体经济组织成员，且租赁行为不损害农村集体经济组织对土地的管理权益和其他成员的合法权益，如未导致大量集体土地被非合理占用或影响集体土地的合理规划和使用，那么合同可能被认定有效。
二、合同通常无效的情况
房屋非法性：
- 如果宅基地上的房屋（或拟建设的厂房）是未经批准擅自建造，或者建造的房屋违反了土地利用总体规划、城乡规划等，那么该房屋（或厂房）属于违法建筑，租赁此类房屋（或用于建设此类厂房）的合同无效。
改变宅基地用途且未获批准：
- 宅基地主要用于农村村民居住，若租赁合同将房屋用于非居住的经营性用途（如建设厂房），且这种改变违反了当地宅基地管理规定，同时未获得相关部门的批准，合同通常无效。
违反法律法规或公序良俗：
- 若租赁合同存在违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗的情形，如租赁行为导致环境污染、破坏生态等，该租赁合同也会被认定无效。
三、实际操作建议
- 咨询与审批：在签订此类租赁合同前，建议出租人和承租人共同咨询当地土地管理部门、规划部门等相关机构，了解宅基地上建设厂房的合法性和可行性，并办理相关审批手续。
- 明确合同条款：合同中应明确租赁期限、租金支付方式、厂房建设标准、违约责任等关键条款，以避免未来产生纠纷。
- 关注政策变化：由于宅基地政策可能因地区和时间而异，双方应密切关注相关政策的变化，以便及时调整合同策略并规避潜在的法律风险。
若您在此类问题上还有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会结合您的具体情况，为您提供更详细、更专业的法律建议。