虚开增值税专用发票共同犯罪中，补缴税款及滞纳金的处理需根据犯罪情节、补缴时间及司法机关认定综合判断，具体处理方式如下：

1. 补缴税款及滞纳金的法律性质
   根据《刑法》第二百零五条及《税收征收管理法》第三十二条，虚开增值税专用发票的共同犯罪人需承担补缴税款的义务，滞纳金按日加收万分之五（自税款缴纳期限届满次日起计算）。补缴行为可视为犯罪后的悔罪表现，但不影响犯罪成立，仅可能影响量刑幅度。

2. 共同犯罪中的责任划分

   • 主犯与从犯的区分：主犯需对全部虚开税款承担补缴责任，从犯按其参与的虚开金额补缴。若从犯能证明其未参与部分虚开行为，可申请核减补缴金额。
     
   • 连带责任：共同犯罪人之间对补缴税款及滞纳金承担连带责任，司法机关可向任一犯罪人追缴全部税款，再由犯罪人内部追偿。

3. 补缴时间对处理的影响

   • 刑事立案前补缴：若在税务机关立案或公安机关刑事立案前主动补缴税款及滞纳金，可依据《刑法》第六十七条认定为自首或坦白，从轻或减轻处罚。
     
   • 刑事立案后补缴：虽不影响犯罪定性，但可作为量刑情节，根据《最高人民法院关于常见犯罪的量刑指导意见》，可减少基准刑的30%以下。
     
   • 审判阶段补缴：法院可能酌情从宽处罚，但滞纳金仍需全额缴纳。

4. 滞纳金的计算与减免

   • 计算规则：滞纳金=欠缴税款×万分之五×滞纳天数（自税款缴纳期限届满次日至实际缴纳日）。
     
   • 减免情形：仅在税务机关认定因不可抗力导致迟延缴纳时，可申请减免滞纳金，但虚开行为不属不可抗力，实践中极少获批。

5. 实务建议

   • 主动配合调查：共同犯罪人应尽早向税务机关或公安机关说明情况，争取在刑事立案前补缴税款。
     
   • 协商分摊责任：内部签订分摊协议，明确各自补缴金额，避免后续追偿纠纷。
     
   • 申请缓刑或免刑：若补缴税款及时且犯罪情节轻微，可依据《刑法》第七十二条申请缓刑，或根据《刑事诉讼法》第十六条争取不起诉。

提示：虚开增值税专用发票罪涉及刑事与行政双重责任，补缴税款及滞纳金仅是民事赔偿部分，仍需承担刑事责任。具体案件需结合虚开金额、主观故意、参与程度等综合判断，建议直接向我咨询具体方案。