结论前置：店姐（即用人单位）以员工上班卫生搞不干净为由直接罚钱是不合法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律法规的明确规定
根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，用人单位不得无故克扣劳动者工资。工资是劳动者提供劳动服务后应得的报酬，其支付受到法律的严格保护。除非符合法定的扣除情形，如代扣代缴个人所得税、社会保险费用、法院判决的抚养费或赡养费等，否则任何单位或个人均不得擅自扣减。打扫卫生不干净显然不属于这些法定扣除情形之一。
二、内部规章制度的合法性要求
若用人单位试图通过内部规章制度来规定此类扣款，该规章制度也必须满足严格的法律要求方能有效。具体来说：
内容合法合理：规章制度的内容必须合法合理，不能违反法律法规的强制性规定，且处罚措施要符合公平原则。以打扫卫生不干净为由直接扣钱，显然不符合公平原则，也不符合法律法规的规定。
制定程序民主：制定过程需经过民主程序，如职工代表大会讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。如果规章制度未经民主程序制定，那么其效力将受到质疑。
公示告知：规章制度还需向全体劳动者公示，确保其知晓并理解相关规定。如果用人单位未将规章制度公示或告知劳动者，那么劳动者有权拒绝遵守该规章制度。
三、实际损失与赔偿的合法途径
即使员工因卫生问题给公司造成了实际损失，公司也不能直接扣减工资作为赔偿。正确的做法是通过协商或诉讼的方式来寻求赔偿，且赔偿金额应仅限于弥补实际损失的部分。公司不能擅自决定扣减员工的工资作为赔偿，否则将构成违法行为。
四、劳动者的维权途径
面对此类不合法的扣款行为，劳动者可以采取多种措施来维护自己的权益：
协商：首先尝试与用人单位进行协商，要求其说明扣款的依据并返还不合理扣除的工资。
投诉：若协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，由其对用人单位的工资支付情况进行监督检查并责令改正违法行为。
仲裁与诉讼：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
五、建议与提醒
保留证据：在整个维权过程中，劳动者应注意收集并保存好相关证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录以及与单位关于扣款问题的沟通记录等，以便在必要时证明自己的权益受到了侵害。
了解法律：劳动者应了解自己的合法权益和用人单位的义务，以便在面对不合法行为时能够及时采取措施维护自己的权益。
咨询专业：如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。
综上所述，店姐以员工上班卫生搞不干净为由直接罚钱是不合法的行为。劳动者在面对此类情况时，应依法维护自己的权益，而用人单位也应严格遵守相关法律法规的规定，确保员工的合法权益得到充分保障。